Herramientas de bioinformatica con un MAC, ¿es posible?

Hola a todos, hace poco me compré un ibook, me he pasado al lado oscuro de Steve Jobs ;).

Ahora bien, me estaba preguntando el otro día qué herramientas existen para trabajar con un mac. Aquí os pongo algunas que he encontrado. Poco a poco las iré probando y os comentaré.

Espero que os sirvan.

Sequin

Sequin es una herramienta desarrollada por el NCBI para someter y poner al día entradas a las bases de datos de la secuencia de GenBank, de EMBL, o de DDBJ. Es capaz de manejar las sumisiones simples que contienen una sola secuencia corta del mRNA, y las sumisiones complejas que contienen secuencias largas, anotaciones múltiples, sistemas divididos en segmentos de DNA, o estudios phylogenetic y de la población. Sequin 6,00 es actualmente disponible del NCBI. Sequin funciona en Macintosh, PC/Windows, y las computadoras de UNIX.

Más información en: Sequin

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LAMARC: Likelihood Analysis with Metropolis Algorithm using Random Coalescence

Descripción

Lamarc es un programa para hacer análisis de similitud con el algoritmo Metrópolis que utiliza coalescencia aleatoria . Es un paquete que calcula parámetros poblacionales, tales como tamaño efectivo de la población, tasa de crecimiento exponencial, tasa de recombinación y tasa de migraciones pasadas para una o n poblaciones. Utiliza un modelo de matriz de migración con tasas de migración asimétricas y distintos tamaños de subpoblaciones. Esta versión puede utilizar datos de secuencias de ADN o ARN, SNPs o microsatélites. El programa puede obtener: estimaciones de la tasa de recombinación, tasas de migración entre cada par de la población, tamaños de las poblaciones (asumiendo tasas de mutación constantes entre loci), tasas de crecimiento poblacional exponenciales, tablas de perfiles de similitud, y percentiles. Si Ud. sabe que no hay recombinación en sus datos (p. e. ADNmt), puede utlizar otros programas como Fluctuate o Migrate.

Los métodos utilizados por estos programas siguen lo planteado en la Teoría de Coalescencia de Kingman (1982a, b). Los métodos usan una técnica que localiza el muestreo en regiones que contribuyen al resultado final (Metropolis, Monte Carlo).

Características

Maneja datos moleculares
Está constituído por cuatro programas:
Coalesce estima el tamaño efectivo de una sola población constante usando secuencias no recombinantes.
Fluctuate estima el tamaño efectivo de la población y la tasa de crecimiento exponencial para una sola población, utilizando secuencias no recombinantes.
Migrate estima el tamaño efectivo de la población y la tasa de migración en poblaciones constantes, usando secuencias no recombinantes, datos de microsatélites o datos electroforéticos de enzimas.
Recombine estima el tamaño efectivo de la población y la tasa de recombinación por sitio de una sola población de tamaño constante.

La versión actual del programa es la 1.2.2., y está diponible el código fuente o los ejecutables para: Linux (intel), Mac OS 9, y Windows

Más información en: LAMARC