tRNAscan-SE

tRNAscan-SE es un programa diseñado para localizar genes de tRNA en secuencias de ácidos nucléicos usando una combinación de algoritmos que produce una tasa de falsos positivos muy baja a una velocidad de búsqueda muy alta. Ha sido optimizado para localizar genes de tRNA citoplásmicos eucariotas y de eubacterias, aunque también puede usarse para localizar otros tRNAs.

TRNAscan-SE combina la especificidad del paquete probabilistic de la predicción del RNA de Eddy y Durbin (1994) con la velocidad y la sensibilidad de 1,3 tRNAscan (Fichant y Burks, 1991) más una puesta en práctica de un algoritmo descrito por Pavesi (1994).

TRNAscan-SE no hace ninguna detección sí mismo del tRNA, sino que por el contrario combina las fuerzas de tres programas independientes de la predicción del tRNA negociando el flujo de la información entre ellos, realizando una cantidad limitada de post-processing, y haciendo salir los resultados. El programa trabaja en tres fases principales. En la primera etapa, funciona dos programas independientes de la detección del tRNA sobre la secuencia de la DNA de la entrada. Estos programas relativamente rápidos, de primer paso de la detección incluyen una versión modificada, optimizada de 1,3 (1) tRNAscan, y EufindtRNA, una puesta en práctica de otro algoritmo de la búsqueda del tRNA.

tRNAscan-SE Search Server
Para saber más tenéis el siguiente manual