La paradoja de San Petersburgo

Oferta de cesión del blog

noreply@blogger.com (3isa) — Tue, 13 May 2008 14:49:00 +0000

Un cordial saludo a todos.

Como ya sabéis hace un par de semanas que anuncié que dejaba de escribir en el blog. Tengo que decir que era una decisión bastante triste para mi. Por eso he decidido ofrecer la posibilidad a quien quiera de continuar escribiendo en este blog.

Para ello escribirme un correo a ana.ismi.3isa@gmail.com o jacroman@magrathea.es explicándome vuestros objetivos e ideas para este blog. Cedería el blog por un periodo mínimo de un año prologable. Es más, si alguien colaborase asiduamente yo también participaía (ya que tendría que dedicarle menos tiempo).

Lo dicho, espero vuestros mails.

Esto... aunque parezca algo obvio, está acabado

noreply@blogger.com (3isa) — Fri, 04 Apr 2008 19:01:00 +0000

Hola a todos.

Es cierto, hace mucho que no escribo y os debo una explicación. Diversos proyectos, temas familiares y en algunos momentos mi pereza desembocaron en este largo silencio que hoy rompo. El blog se acaba, el blog ya estaba acabado. Han sido muchos meses escribiendo en él y estoy triste por la decisión que he tomado de cerrar el blog. No es una clausura total, el blog seguirá online para que cualquier persona pueda seguir consultando lo escrito en él, pero yo, ya no escribiré. Es cierto, hacía mucho que ya no escribía.

Hoy cierro este capítulo en el mundo de los blogs. Gracias. Gracias a todos los que habéis colaborado en él y lo habéis visitado.

Ahora me podéis encontrar en http://calejero.blogsome.com, un blog sobre programación y, en especial, sobre Oracle.

Nuevamente, GRACIAS A TODOS. HASTA PRONTO AMIGOS

Problemas de Genética General

noreply@blogger.com (3isa) — Mon, 22 Jan 2007 21:37:00 +0000

Hola a todos. Aquí os dejo dos ejercicios de genética general. A ver quien los resuelve. En los próximos días pondré las soluciones.

Un saludo a todos.

1. Mendel descubrió que el color amarillo de la semilla de los guisantes es dominante sobre el color verde. En los siguientes experimentos, plantas con fenotipos conocidos, pero con genotipos desconocidos, dieron lugar a la siguiente descendencia:

1) Amarilla x Verde = 82 Amarillas + 78 Verdes.

2) Amarilla x Amarilla = 118 Amarillas + 39 Verdes.

3) Verde x Verde = 50 Verdes

4) Amarilla x Verde = 74 Amarillas

5) Amarilla x Amarilla = 90 Amarillas

Según la proporción de descendientes, indíquense los genotipos más probables de cada progenitor.

2. En el ganado vacuno la falta de cuernos es dominante sobre la presencia de cuernos. Un toro sin cuernos se cruzó con tres vacas. Con la vaca A, que tenía cuernos, tuvo un ternero sin cuernos; con la vaca B, también con cuernos, tuvo un ternero con cuernos; con la vaca C, que no tenía cuernos, tuvo un ternero con cuernos. ¿Cuáles son los genotipos de los cuatro progenitores? ¿Qué otra descendencia, y en qué proporciones, cabría esperar de estos cruzamientos?

Nuevo Folding@Home software para Windows Vista

noreply@blogger.com (3isa) — Wed, 17 Jan 2007 15:59:00 +0000

Hola a todos. Hoy Francisco Barroso, amigo y colaborador del grupo Paradoja de San Petersburgo Folding@home Group que participa en el proyecto Folding@home (página en español http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/spanish/) me ha escrito y preguntado entre otras cosas cómo es que no entregaba ninguna unidad desde hacía unos meses. Entre otras razones es mi reciente (dos meses es reciente?) instalación de Windows Vista en mi Pc. La versión 4 del software para el cliente de folding@home no funcionaba para vista (si me he dado cuenta esta tarde) pero rebuscando en su página web (en inglés) he encontrado una nueva versión para Windows Vista.

Aquí tenéis el enlace de descarga.
Descarga

Os dejo también el enlace a la página con las estadísticas del grupo.
Estadísticas

La influyente bióloga Lynn Margulis visita Zaragoza

noreply@blogger.com (3isa) — Tue, 16 Jan 2007 20:49:00 +0000

A través del correo interno de mi Universidad (Universidad de Zaragoza) me ha llegado la siguiente noticia:

El Ateneo del CPS se honra en recibir a uno de los científicos más destacados de la actualidad, posiblemente la mujer más influyente en las ciencias biológicas a nivel mundial. Tan sólo en su calidad de creadora de la Teoría Simbiótica sobre el origen de las células complejas (eucariotas), en los años 70, corroborada luego en multitud de trabajos experimentales, Lynn Margulis ha cambiado de un modo irreversible la biología de nuestro tiempo. El dominio indiscutido del darwinismo reduccionista ha dejado paso a la búsqueda de modelos más sofisticados e integradores sobre la competencia/colaboración en la evolución de las especies. La propia Lynn ha contribuido, a través de la Teoría GAIA (propuesta junto a James Lovelock), a una nueva visión acerca de cómo el conjunto de especies de la Biosfera integrarían un organimo global con propiedades emergentes cuasi-cibernéticas a nivel planetario. En esta época nuestra que demanda una nueva articulación de la ciencia, la tecnología y las actividades económicas con las realidades de la Naturaleza, el pensamiento de Lynn supone una poderosa fuente de inspiración.

Día: 17/01/2007

Hora: 18:00

Lugar: Salón de Actos, Edificio Ada Byron, CPS

Ponente: Lynn Margulis
Distinguished Professor, University of Massachusetts-Amherst
National Academy of Sciences (USA)
Russian Academy of Natural Science
National Medal of Science (1999, Pte. Bill Clinton)

Presentador: Ricardo Guerrero
Catedrático de Microbiología de la Universidad de Barcelona
Professor of Graduate Studies, University of Massachusetts-Amherst
Fellow de la Linnean Society de Londres
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Otras sesiones programadas del Ateneo

Central Dogma 1.0

noreply@blogger.com (3isa) — Mon, 15 Jan 2007 15:04:00 +0000

A small application that will translate nucleotide sequences and back-translate amino acid sequences.

More information

Download

System Requirements

Mac OS X 10.3 or later

Download Details

Company:	University of California at Davis
Version:	1.0
Post Date:	January 3, 2007
License:	Freeware
File Size:	307K
URL Type:	Download
Download ID:	12514

Beca para el proyecto europeo MIGRESIVES

noreply@blogger.com (3isa) — Sat, 06 Jan 2007 13:02:00 +0000

Perfil del candidato:

Licenciado en Bioquímica o Ciencias Químicas
Conocimientos de Química Analítica y de Química Orgánica,
principalmente en cromatografía y espectrometría de masas.
Conocimientos de inglés hablado y escrito
Se valorarán además:
Conocimientos o formación en Medio Ambiente
Participación en actividades de I+D. proyectos, publicaciones,
congresos, etc.

Duración de la beca:

DURACIÓN. 3 AÑOS
MOTIVO. REALIZACIÓN DE LA TESIS DOCTORAL
TEMA. ADHESIVOS EN ENVASE ALIMENTARIO.
INTERACCIONES CON DIFERENTES MATERIALES,
MIGRACIÓN, DESARROLLO DE MÉTODOS DE
ANÁLISIS.

Documentación a presentar:

Deberán justificarse los méritos alegados.

Límite presentación de candidatos:

Las solicitudes deberán enviarse a Prof. Dra. Cristina Nerín,
CPS, Universidad de Zaragoza ANTES DEL 15 DE ENERO
DE 2007.

Explorando el genoma del homo sapiens

noreply@blogger.com (3isa) — Sat, 06 Jan 2007 12:58:00 +0000

Assembly:	NCBI 36, Oct 2005
Genebuild:	Ensembl, Aug 2006
Database version:	42.36d
Known genes:	21,774
Novel genes:	1,036
Pseudogenes:	1,069
RNA genes:	3,994
Genscan gene predictions:	69,185
Gene exons:	270,661
Gene transcripts:	44,676
Variations:	11,287,592
Base Pairs*:	3,253,037,807
Golden Path Length**:	3,093,120,360

* Total number of base pairs = sum of lengths of DNA table
** Reference assembly (Golden path) length = sum of non-redundant top level seq regions

Información extraída de http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/index.html

Feliz Año 2007

noreply@blogger.com (3isa) — Sun, 31 Dec 2006 17:46:00 +0000

Hola a todos. Quiero aprovechar este blog para felicitar el año nuevo a todos los que lo visitáis habitualmente.

Gracias a todos por seguir este blog.

Un cordial saludo y feliz año nuevo.

DNA, ayuda a la doctora Thompson.

noreply@blogger.com (3isa) — Sat, 23 Dec 2006 17:25:00 +0000

Un saludo a todos. Aunque estas últimas semanas estoy algo desconectado ya que mi salud no me permite muchas alegrías hoy tengo tiempo para hablaros de un juego que por casualidad llegó a mi en forma de Flash aunque tiene su versión PC correspondiente. Se llama DNA.

Como todos vosotros sois muy listos ya sabréis de que va el juego. Es tipo Puzzle y consiste en unir elementos para formar nuevas especies de flores. Ayuda a hacer nuevas combinaciones de las proteínas que se convertirán en las nuevas células, que crecerán y se convertirán en flores asombrosas. También tienes que tener en cuenta la posible intromisión de virus desde el exterior.

Os dejo una captura de imagen y el enlace al juego en flash.

DNA en flash.

Zaragoza entra a formar parte de la Red Española de Supercomputacion

noreply@blogger.com (3isa) — Tue, 28 Nov 2006 16:41:00 +0000

El Instituto de Biocomputación y Física de Sistemas Complejos (BIFI) se convierte con esta nueva infraestructura en una de las instituciones punteras en potencia de computación a nivel mundial

Las nuevas necesidades en la investigación y el desarrollo de las nuevas tecnologías están impulsando el desarrollo de nuevas estructuras más ágiles, descentralizadas y potentes. Ante esta situación, el Ministerio de Educación y Ciencia ha creado la Red Española de Supercomputación (RES). Se trata de una estructura de seis superordenadores distribuidos por la geografía nacional, conectados con redes de alta velocidad para dar soporte a las necesidades de supercomputación de los diferentes grupos de investigación españoles.

El núcleo de la RES se sitúa en el BSC (Barcelona Supercomputer Center), donde se encuentra instalado el superordenador Mare Nostrum, actualizado recientemente, lo que lo sitúa entre los ordenadores más potentes del mundo. Los nodos de esta red están en Barcelona (BSC), en Madrid (Centro de Supercomputacion y Visualizacion de Madrid) el Instituto Astrofísico de Canarias (IAC), el Instituto de Física de Cantabria (IFCA), la Universidad de Málaga, y en nuestra comunidad en el Instituto de Biocomputación y Física de Sistemas Complejos (BIFI), de la Universidad de Zaragoza (www.bifi.es).

Esta Red Nacional de Supercomputación es una gran instalación distribuida. La RES esta constituida por diferentes centros, cada uno de ellos albergando un gran superordenador, conectados todos ellos por una conexión a alta velocidad (al menos un Gbit/segundo) de modo que pueden comunicarse entre ellos, distribuir tareas y recursos. Haciendo un simil la RES es como una red de ordenadores de una empresa, donde cada unidad elemental en lugar de ser el PC de una mesa de despacho es un superordenador. Las unidades elementales están conectadas entre si, y todos los recursos, ficheros y archivos, son compartidos entre todos los usuarios. Los investigadores verán la infraestructura como algo único, enviarán sus trabajos que se ejecutarán indistintamente en cualquiera de los nodos que al estar en Red compartirán sus recursos.

En los ordenadores de la RES se ejecutaran los programas más complejos y ambiciosos de los investigadores españoles. Algunas de las líneas de investigación son:

* Estudio de proteínas y diseño de fármacos
* Genómica y ADN
* Cambio Climático y Calidad del Aire
* Simulación de barco español en la Copa América
* Formación y Evolución del Universo
* Simulación de Plasma en reactores de fusión

La mayoría de estos problemas serían inabordables sin un gran ordenador como el que ahora se constituye. El estar distribuido no supone problema para la realización de los cálculos, pues la red a alta velocidad que los une, permite intercambiar recursos e información a gran velocidad.

La RES presenta por primera vez esta ventaja de ofrecer una infraestructura única para los grupos de investigación, pero que físicamente esta distribuida a lo largo de la geografía nacional optimizando recursos y permitiendo la participación de varias comunidades en las nuevas tecnologías.

El Instituto de Biocomputación y Física de Sistemas Complejos (BIFI) de la Universidad de Zaragoza es una de las instituciones punteras en potencia de computación. Ahora, con su entrada como uno de los seis nodos de la Red Española de Supercomputación, el BIFI recibirá una máquina con 512 procesadores. De la potencia total, el 20% será de libre disposición por el Instituto, y el 80% restante será utilizado dentro de la RES, que decide la asignación según criterios de calidad científica entre los investigadores que lo soliciten a nivel nacional.

La elección del BIFI para ser nodo de la RES tiene su origen en la larga experiencia del Instituto en el uso de Clusters de PCs bajo Linux y en el soporte a usuarios de diferentes campos de investigación.

El núcleo de RES, el ordenador Mare Nostrun del BSC (www.bsc.es), se sitúa el primero de Europa y el quinto del mundo en cuando a nivel de potencia de computación, según la reconocida lista de los "top 500" (www.top500.org). Los top 500 es el equivalente a “Los 40 principales” de la música, pero a nivel mundial. En base a criterios puramente objetivos que consisten en la resolución de problemas matemáticos complejos, se evalúa la potencia de cada máquina, y cada mes se elabora la lista con la potencia obtenida en cada uno de ellos. En esta nueva situación, el ordenador de la Universidad de Zaragoza logra entrar en esta lista en el puesto 417.

En el núcleo Mare Nostrum, en su primer año de funcionamiento, se han ensayado más de 200 proyectos. Con esta ampliación, este número podría duplicarse. En este sentido, el BIFI utilizará este nuevo recurso computacional para acelerar sus investigaciones en dos aspectos principalmente: la simulación de plasma en reactores de fusión para el proyecto ITER y la simulación de proteínas para estudiar su plegamiento, su estabilidad y el desarrollo de fármacos.

El BIFI desarrolla desde hace dos años una estrecha colaboración con el CIEMAT para el estudio del comportamiento del plasma en reactores de fusión. La carestía de los combustibles fósiles y el aumento del efecto invernadero hace obligatorio la búsqueda de energías limpias e inagotables. El proyecto ITER (International Tokamak Experimental Reactor) es un proyecto internacional para el desarrollo de un reactor que genera energía a partir de Hidrogeno y no produce efecto invernadero ni residuos radiactivos. Esto es un gran desafío científico y tecnológico, en el que el BIFI colabora para simular el comportamiento del plasma, el combustible del reactor. Desde el BIFI ya se utilizó el anterior Mare Nostrum para estas simulaciones, y el acceso a la nueva RES permitirá un avance en los resultados.

El Instituto de la Universidad de Zaragoza también trabaja en la simulación del comportamiento de las proteínas. Las proteínas están en el origen de numerosas enfermedades y en los grandes superordendores podemos simular como se comportan frente a ciertos compuestos que luego pueden ser utilizados como medicamentos para el tratamiento de dichas enfermedades. Sólo con el uso de superordenadores es posible este estudio.

La ampliación del BIFI y su conversión en nodo de la red Española de Supercomputación estará operativa a primeros de 2007, ubicada en la Facultad de Ciencias.

El rector de la Universidad de Zaragoza, Felipe Pétriz, la consejera Ciencia, Tecnología y Universidad Ángela Abós, el director del BSC, el aragonés Mateo Valero, y José Félix Sáenz Lorenzo, director del BIFI, presentarán esta nueva infraestructura el próximo lunes 4 de diciembre en el Salón de Grados de la Facultad de Ciencias.

En dicho acto, Mateo Valero pronunciará una conferencia sobre el nuevo ordenador Mare Nostrun y la Red Española de Supercomputuación

La Universidad e Ibercaja colaboran en I+D para medicina regenerativa

noreply@blogger.com (3isa) — Wed, 22 Nov 2006 20:49:00 +0000

Ibercaja y la Universidad de Zaragoza, colaboran en un proyecto de investigación en medicina regenerativa, realizado en el marco del convenio de colaboración que ambas instituciones mantienen desde hace más de 20 años y que se renovó el pasado 12 de junio.

El proyecto, elaborado por un grupo de investigación multidisciplinar de la Universidad de Zaragoza, financiado con 80.000 euros por Ibercaja y con el apoyo del grupo GAMER del Instituto de Ciencias de la Salud del Gobierno de Aragón, se basa en la utilización de células madre adultas, en combinación con andamiajes, para la regeneración de tejidos involucrados en patologías de hueso, cartílago o tendón. Su nombre científico es “mecanobiología de la regeneración tisular: Modelado y validación in-vitro”.

El objetivo de este estudio, el primero de estas características que se realiza en Aragón, es determinar la influencia de los factores mecánicos y bioquímicos sobre procesos celulares de proliferación, diferenciación y migración de células madre adultas (mesenquimales). Para ello, se ha creado un grupo multidisciplinar donde trabajan 44 investigadores Ingenieros y Veterinarios de la Universidad de Zaragoza. Se trata del grupo GEMM (Grupo de Estructuras y Modelado de Materiales), que pertenece al Instituto de Investigación en Ingeniería de Aragón (I3A), dirigido por Manuel Doblaré y del grupo LAGENBIO (Laboratorio de Genética Bioquímica) de la Facultad de Veterinaria, dirigido por Pilar Zaragoza.

Teniendo en cuenta que existen datos que indican la posible interacción entre la diferenciación que siguen las células y la elasticidad de la matriz donde se encuentran, este proyecto de investigación trata de estudiar distintos factores mecánicos y bioquímicos que puedan afectar a la regeneración de tejidos como hueso, cartílago o tendón. Para ello se trabaja en este proyecto con células madre adultas (células mesénquimales) combinando de forma innovadora tres metodologías interdisciplinares: cultivos in vitro ( en el laboratorio), estudios computacionales y experimentación in vivo.

Así, el proyecto se enmarca en medicina regenerativa y concretamente, en ingeniería de tejidos, ciencia que trata de diseñar y fabricar estructuras organizadas tridimensionalmente con propiedades mecánicas similares a las de los tejidos vivos dañados y sobre estos “andamiajes”, naturales o artificiales, se desean alojar las poblaciones celulares en tamaño, tipología y grado de maduración adecuados para restaurar la función de órganos y tejidos en el organismo.

En este sentido, se abren nuevos e importantes retos relativos a las posibles aplicaciones del uso de células madre en la medicina regenerativa. De hecho existen ya decenas de empresas y laboratorios de investigación en distintas Universidades que están desarrollando proyectos con el objetivo de encontrar nuevos tratamientos en distintas patologías como, enfermedades coronarias, neurológicas, diabetes, problemas óseos y de cartílago, piel, cáncer y transplantes en general, etc.

También, existen publicaciones muy recientes que muestran la reconstrucción de un dedo, una arteria, una vejiga, un trozo de hueso o incluso la reconstrucción de una mandíbula utilizando como birreactor el propio cuerpo humano. En España hasta el momento solo existen cuatro empresas relacionadas con la Ingeniería Tisular y en Aragón todavía no existen.

En concreto, los objetivos específicos del proyecto que hoy han presentado Ibercaja y la Universidad de Zaragoza son:
Puesta en marcha del cultivo de células madre adultas humanas, de ratón y caballo en monocapa y sobre andamiajes tridimensionales.
Establecimiento de un modelo matemático para predecir comportamientos celulares tras diversos estímulos mecánicos y biológicos.
Estudio en modelos animales para su aplicación en humana
Establecimiento de un modelo computacional para simular órganos y patologías en animales, y posterior aplicación en humanos.

Grupos participantes

1.-GEMM (Grupo de Estructuras y Modelado de Materiales). Del Instituto de Investigación en Ingeniería de Aragón (I3A, de la Universidad de Zaragoza. Responsable Manuel Doblare. http://gem.unizar.es

Grupo de investigación de Excelencia (BOA 20 de Abril de 2005) y miembro del CIBER del IB.
Formado por 16 doctores (profesores, RyC, JdC y contratados doctores) del Centre Politécnico Superior (CPS) más 4 doctores de Medicina
Doctorandos: 2 F.P.U, 1 F.P.I, 1 ALBAN y varios en proyectos (12 tesis en realización en biomecánica).

2.-LAGENBIO (Laboratorio de Genética Bioquímica). Facultad de Veterinaria, I3A y Universidad de Zaragoza. Responsable Pilar Zaragoza. http://www.unizar.es/lagenbio

Grupo de investigación Consolidado del Gobierno de Aragón (BOA 2003)
Formado por 14 doctores (profesores, RyC y contratados doctores) de la Facultad de Veterinaria, Hospital Clínico Universitario y CITA
6 Doctorandos (becarios y contratados) con 8 tesis en realización en Genética Molecular e Ingeniería Genética
2 técnicos

El 10% del genoma explica las diferencias entre las personas

noreply@blogger.com (3isa) — Wed, 22 Nov 2006 20:35:00 +0000

Cada individuo tiene sus particularidades. Somos de la misma especie, pero el material genético de cada humano es diferente. Un grupo internacional de científicos, españoles incluidos, ha identificado y catalogado las variaciones de los 'trocitos' de ADN que hacen exclusivo a cada ser humano.

En su búsqueda han descubierto que son mucho más abundantes de lo que se creía hasta ahora. Las variaciones pueden suceder en más de un 10% de los genes del hombre y esconden información que determina que un individuo tenga más predisposición a padecer ciertas enfermedades o su respuesta a ciertos tratamientos médicos.

El trabajo lo acaba de publicar la revista 'Nature' y ha sido realizado por un consorcio de científicos británicos, japoneses, estadounidenses, canadienses y españoles. Después de la secuenciación del genoma humano hace cinco años, "éste es quizás el paso más importante en este ámbito, ya que hemos descubierto las zonas a las que mirar en detalle" para encontrar las claves de muchas patologías, ha señalado Xavier Estivill, del Centro de Regulación Genómica (CRG), uno de los participantes españoles en el proyecto, junto a Lluís Armengol, Juan Ramón González y Mónica Gratacós, todos ellos del Programa Genes y Enfermedad, que dirige Estivill en el CRG.

De cada gen, los humanos tenemos generalmente dos copias, una heredada de cada progenitor. Los científicos han encontrado cerca de 2.900 genes (más del 10% de los genes del genoma humano) que pueden sufrir 'variaciones en el número de copias' (CNV) de unos 'trocitos' determinados. Estos segmentos del genoma están formados por unos 1.000 pares de bases cada uno.

Hasta ahora se creía que cada persona difería de otra en un millón de los más de 3.000 millones de nucleótidos que componen el genoma humano. Sin embargo, se ha demostrado que entre dos personas hay más de 20 millones de nucleótidos de diferencia, que se agrupan en 1.400 regiones del genoma.

Los mecanismos que producen las variaciones de copias de estos 'trocitos' especiales de ADN no se conocen aún en profundidad. Las regiones susceptibles de cambiar pueden faltar o estar duplicadas. Ahí podría residir la clave para la comprensión de ciertas enfermedades. "Que falte una región puede ser beneficioso o perjudicial, dependiendo del caso", ha señalado Estivill.

Una confluencia de determinados cambios muy concretos en estos 'trocitos' variables de genoma pueden desembocar en la predisposición a padecer una patología, como el mal de Alzheimer o la enfermedad de Parkinson, entre otras muchas. El equipo de científicos ha observado que hasta el 16% de las enfermedades genéticas conocidas (entre ellas los síndromes de DiGeorge, Angelma, Williams-Beuren o Prader-Willi) se pueden asociar con estas CNVs. También patologías menos raras y con un componente genético menor, pero igualmente determinante, como la esquizofrenia, cataratas, atrofia muscular espinal y la aterosclerosis.

Asímismo, han observado que los genes relacionados con la actividad y el desarrollo del cerebro y el sistema inmune son muy ricas en estas variaciones del genoma. En contraste, los genes implicados en la división celular tienden a sufrir pocas de estas variaciones.

Medicina individualizada

Estos cambios en el genoma también explican las diferentes respuestas ante un tratamiento farmacológico. Es un paso más hacia la medicina individualizada. Con ella, las terapias estarán diseñadas para cada individuo concreto, según su personalísimo genoma.

Los datos sobre estos fenómenos se han recogido en dos base de datos de acceso libre para los científicos, llamada ENSEMBL. La Wellcome Trust, que participa en el proyecto, también ha creado una base -DECIPHER- a la que pueden acceder los genetistas para incluir y compartir la información que tengan sobre apreciaciones clínicas vinculadas con CNVs.

Otro proyecto anterior, el HapMap, ha tratado de catalogar estas variaciones del genoma humano. Sin embargo, como explica el director de esta investigación, el doctor Matthew Hurles, ese trabajo ha aportado información de enorme valor, pero "la mayoría de los CNVs se han pasado por alto en sus mapas".

Noticia extraída de Elmundo.es

Ya tenemos 1 año de vida. Gracias a todos por visitar este blog

noreply@blogger.com (3isa) — Mon, 13 Nov 2006 14:52:00 +0000

Hola a todos. Quiero dar las gracias a todos aquellos que visitáis asiduamente este blog. Hoy cumplimos un año, un año desde aquel domingo 13 de noviembre en donde decidí crear y desarrollar este blog.

Espero continuar mucho tiempo más (si el trabajo y los estudios lo permiten) escribiendo en este blog.

Nuevamente, gracias a todos.

Próximos seminarios en el CIC

noreply@blogger.com (3isa) — Fri, 10 Nov 2006 17:10:00 +0000

El CIN -Centro de Investigación del Cáncer, Salamanca- impartirá los siguientes seminarios:

16-11-2006
José María de Pereda Vega. Instituto de Biología Molecular del Cancer de Salamanca (IBMCC),Salamanca
Arquitectura de Hemidesmosomas
Lugar: Salón de Actos del CIC
Hora: 12:30

23-11-2006
David Herrero Martín. Instituto de Biología Molecular del Cancer de Salamanca (IBMCC),Salamanca
RNA de interferencia como metodología de búsqueda de nuevas dianas terapéuticas en tumor de Ewing
Lugar: Salón de Actos del CIC
Hora: 12:30

Pronto cumplimos un añito

noreply@blogger.com (3isa) — Fri, 10 Nov 2006 17:07:00 +0000

Estamos ya cerca de cumplir un año de vida. El primero de muchos -eso espero-. Gracias a todos los que cada día accedéis a este blog sobre bioinformática.

Google Search Engine

noreply@blogger.com (3isa) — Tue, 24 Oct 2006 13:16:00 +0000

Hola a todos. Acabo de leer que Google ha sacado una utilidad para "personalizar" las búsquedas que realicemos.

Google ha lanzado una herramienta para que los responsables de publicaciones web o los blogueros puedan crear búsquedas personalizadas en sus propios sitios, es decir, que puedan posicionar las búsquedas como quieran dentro de sus propios buscadores personalizados.

De esta manera, gracias a esta nueva herramienta (llamada Google Custom Search Engine) podrán realizarse búsquedas relevantes o limitar el contenido de sus búsquedas.

Así podremos determinar que en lugar de buscar en toda la red busque en unas determinadas webs que nosotros le hemos definido.

Ya he creado una versión para Bioinformática. Está abierta para que entre todos pongamos las webs que creamos más oportunas.

Un saludo. Os dejo la dirección.

http://www.google.com/coop/cse?cx=005416843626284722773%3Ap-hizpylnxi

Cientificos crean retina artificial

noreply@blogger.com (3isa) — Sun, 22 Oct 2006 10:55:00 +0000

Investigadores han desarrollado un chip que imita el trazado neural de una retina verdadera. Este avance puede ayudar a diseñar mejoras bionicas para quienes tengan marcadas perdidas visuales.

Anualmente, cerca de 700 mil personas alrededor del mundo han sido diagnosticadas con degeneraciones visuales que afectan severamente las celulas de la retina.

La mayoría de las retinas artificiales conectan por lo general a una cámara de video externa con un implante detrás del ojo vía computadora (véase "El ojo bionico puede ayudar a revertir la ceguera"). El nuevo chip de silicio creado por Kareem Zaghloul en la Universidad de Pennsylvania, y por su colega Kwabena Boahen de la Universidad de Stanford, en los E.E.U.U., podria eliminar la necesidad de una cámara y de una computadora externa.

El circuito fue construido usando como modelo una retina mamífera. El chip contiene los sensores y circuitos luminicos con funciones muy similares a los nervios de una retina verdadera, filtrando automáticamente la masiva cantidad de datos visuales recogidos por el ojo para dejar solamente lo qué el cerebro utiliza construir un imagen del mundo.

El chip mide 3.5 x 3.3 milímetros y contiene 5760 fototransistores del silicio, que toman el lugar de las neuronas sensibles a la luz en una retina viva. Éstos están conectados hasta con 3600 transistores, que imitan las células nerviosas que procesan la información luminica y la pasa al cerebro para procesamiento superior. Hay 13 tipos de transistores, cada uno con funcionamiento levemente diverso, imitando los diferentes tipos de células nerviosas existentes en una retina verdadera.

Kareem Zaghloul dice que el chip "hace un buen trabajo con algunas de las funciones que una retina verdadera realiza". Por ejemplo, el chip de la retina se puede ajustar automáticamente a las variaciones de intensidad de la luz y ajustar el contraste. Más impresionante, dice Patrick Deganeer, experto del neurobionica del Imperial College en Londres, que también se ocupa del movimiento de la misma manera que una retina viva.

Visto en NewScientistTech.

La computadora de ADN invencible al tres en raya

noreply@blogger.com (3isa) — Fri, 20 Oct 2006 14:10:00 +0000

Un computador que usa cadenas de ADN para realizar cálculos ha llegado a dominar el juego de tres en raya.

MAYA-II, desarrollado por investigadores de las Universidades de Nuevo Méjico y Columbia, en Estados Unidos, usa un sistema de puertas lógicas de ADN para calcular las jugadas.

Las puertas lógicas usadas por MAYA-II consisten en cadenas de ADN a las que se unen otras cadenas específicas, que funcionan como entrada de datos. La unión hace que una región de la primera cadena empiece a funcionar como una enzima que modifica otra pequeña cadena corta de ADN, que actúa como salida de datos.

Ya se han desarrollado computadoras de ADN capaces de hacer cálculos simples como esos. La novedad es que los investigadores responsables de MAYA-II proponen que su diseño debiera de ser especialmente útil en el desarrollo de métodos para identificar marcadores genéticos asociados a ciertas enfermedades.

Otro nivel

Una persona juega con MAYA-II añadiendo una secuencia de ADN que representa la jugada escogida en un determinado momento del juego. La secuencia es añadida a los 8 compartimentos que representan los cuadrados externos de un tablero de tres en raya. Una limitación del sistema es que el jugador debe jugar siempre en segundo lugar, después de que el cuadrado central haya sido ocupado por la máquina.

La versión anterior de MAYA, hecha publica en 2003, tenía todavía mas limitaciones. El primer movimiento del oponente humano estaba restringido a uno o dos cuadrados.

Cada compartimento contiene entre 14 y 18 puertas lógicas de ADN. Después de que la persona ha hecho su jugada, MAYA-II responde mediante una reacción de ADN. La cadena de ADN producida como salida es utilizada como entrada por otra serie de puertas lógicas de ADN que conectan los diferentes compartimentos. Esto da lugar a una reacción química que genera una fluorescencia verde en el cuadrado que MAYA-II ha seleccionado para su próxima jugada. La cadena de ADN también interacciona con los compartimentos restantes, induciéndolos a responder apropiadamente en jugadas futuras.

'MAYA-II' eleva la biocomputación a otro nivel de potencia', explica Joanne Macdonald, una investigadora de la Universidad de Columbia que colaboró en la construcción del sistema. 'Es parecido a la invención de los primeros microchips, con cientos de puertas lógicas'.

La dirección correcta

'Este tipo de experimentos van en la dirección correcta para que se desarrolle la computación con ADN', afirma Martyn Amos, un experto de la Universidad Metropolitana de Manchester, en el Reino Unido. Pero añade que 'no es algo que pueda competir contra el silicio'.

'Jugar con MAYA-II requiere mucho tiempo', admite Macdonald. El sistema necesita entre 2 y 30 minutos para calcular cada jugada y una segunda máquina es necesaria para convertir las señales fluorescentes generadas cada vez, en un movimiento sobre el tablero.

Sin embargo, Macdonald cree que la técnica puede ayudar a los investigadores a refinar los métodos de análisis para muestras de ADN. De hecho, ella ya está usando puertas lógicas de ADN para separar virus y detectar combinaciones particulares de mutaciones.

Amos coincide en que MAYA-II puede ayudar a los investigadores en ese sentido. Sin embargo, advierte que las moléculas de ADN usadas no pueden ser controladas perfectamente y podrían tener una tendencia a funcionar mal ocasionalmente.

Fuente noticia: New Scientist

¿¿CUANTOS METROS INVESTIGAMOS??

noreply@blogger.com (3isa) — Tue, 17 Oct 2006 18:21:00 +0000

Con esta atractiva frase leo el siguiente mensaje que me ha llegado a mi correo estos días de la Asociación de Becarios de Investigación y Jóvenes Investigadores de Aragón (ABIJIA).

Os escribo el mensaje íntegro.

Con motivo de la Semana Naranja que estamos preparando desde ABIJIA, nos hemos propuesto calcular CUANTOS METROS INVESTIGAMOS los becarios en la Universidad de Zaragoza.

Haznos llegar tu trabajo: abstracts que hayas mandado a congresos, arículos, pósters, etc...siempre en tamaño folio. Los uniremos y veremos, entre todos, "cuantos metros de investigación" estamos generando. No importa la naturaleza de tu beca, ni el departamento en el que estés, ¡¡¡Habla con tus compañeros de departamento y anímate!!!

Puedes hacerme llegar directamente a mi tu colaboración por correo interno, o durante las charlas en la Semana Naranja, siempre habrá alguien de ABIJIA a quien puedas entregarselo.

La fecha límite es el jueves día 26 de Octubre.

¡¡COLABORA!!

Os dejo el enlace con su página web.
ABIJIA

Si os queréis apuntar a su lista de correo enviad desde la dirección donde queréis recibir sus mails un mensaje en blanco a bercaires-subscribe@yahoogroups.com

VII Annual Spanish Bioinformatics Conference -Alojamiento-

noreply@blogger.com (3isa) — Thu, 12 Oct 2006 13:42:00 +0000

Aquí os dejo información relacionada con el alojamiento.

Cada participante debe reservar directamente su alojamiento. La lista de hoteles disponibles es la siguiente:

Precios de habitaciones dobles:

Hotel	Cat.	Uso individual	Uso doble	Desayuno	IVA
MELIA	*****	106 €	106 €	15 €	7%
GOYA	****	61,65 €	86 €	Incluido	7%
ROMAREDA	****	65,32 €	-	Incluido	Incluido
HUSA ROYAL	***	65,97 €	82,50 €	Incluido	Incluido
GRAN VIA	***	65 €	89 €	6 €	7%
RAMIRO	***	60 €	74 €	7,75 €	7%

Disponibilidad de plazas para el congreso:

Hotel	N. hab.	Hasta	Teléfono	Dirección
MELIA	20	6 Nov.	(34) 976 43 01 00	Avd. César Augusto, 13
GOYA	80	-	(34) 976 22 93 31	C/ Cinco de Marzo, 5
ROMAREDA	20	20 Oct.
HUSA ROYAL	25	-	(34) 976 21 46 00	C/ Arzobispo Domeneq, 4
GRAN VIA	-	-	(34) 976 22 92 13	C/ Gran Vía, 38
RAMIRO I	25	-	(34) 976 29 82 00	C/ Coso, 123

Cuando haga la reserva, tiene que especificar que es para Las Jornadas de Bioinformática. Pueden consultar la direccion de los hoteles en el Callejero de Zaragoza.

Mas Información

Puede informarse en los teléfonos de la agencia de turismo de Zaragoza: 902 20 12 12 ó 976 20 12 00 o bien vía e-mail en:

VII Annual Spanish Bioinformatics Conference -Más noticias-

noreply@blogger.com (3isa) — Thu, 12 Oct 2006 13:38:00 +0000

Hola a todos. Los días van pasando y ya queda menos para las VII jornadas de Bioinformática que se van a celebrar en mi ciudad, Zaragoza (España). Aquí van las últimas noticias sobre las jornadas.

Por ahora esta es la lista de Ponentes confirmados.

Luis Serrano (EMBL, Heidelberg) - Plenaria

Jeffrey Skolnick - Plenaria

Peer Bork - Plenaria

Patrick Aloy (ICREA IRB-PCB)

Madan Babu

Joaquin Dopazo (CIPF, Valencia)

Nicolay Dokholyan

Ugo Bastolla (CBMSO, CSIC-UAM)

Holger Gohlke

Santiago Cuesta

Laurence Hurst

Mark Isalan

Victor de Lorenzo

Juan Poyatos (CNIO, Madrid)

Fede Abascal

Christian von Mering

Francesca Ciccarelli

Christine Orengo

Alberto Pascual (UCM, Madrid)

La estructuración de las jornadas:

Actividades Satélite

20 Nov 11:00 - 13:30: Mesa Redonda sobre Oportunidades de negocio en Bioinformatica: Biologia molecular e informática biomédica.

23 Nov 9:30 - 18:00: Curso INB: Tecnologías DAS, BioMOBY, Taverna

Sesion 1: Bioinformática Estructural

Temática: Interacciones proteína-ligando, diseño de fármacos, predicción estructural y diseño de proteínas, interacciones proteína-proteína y predicción de la función, clasificación y análisis estructural de proteínas, simulación molecular, determinación automática de estructuras y genómica estructural, plegamiento de proteinas, plegamiento anómalo y enfermedades relacionadas con éste, etc…

Sesion 2: Biología de Sistemas

Temática: Modelado de redes de interacción proteína-proteína, modelado de redes genéticas, análisis de promotores, identificación de sitios de unión de factores transcripcionales, integración de información -ómica, modelado y análisis de expresión génica, splicing, integración de datos, etc…

Sesion 3: Genómica Comparativa y Evolución

Temática: Detección de genes, aspectos evolutivos del splicing, desequilibrios de ligamientos, anotación, SNPs en enfermedades y evolucion, etc..

Sesion 4: Algoritmos y Bases de Datos

Temática: Minería de datos, tecnología de grid, manejo de bases de datos, computación a gran escala, etc...

Os dejo un pdf con información preliminar.

Proyecto para controlar la apnea del sueño a través de la telefonía móvil

noreply@blogger.com (3isa) — Sat, 07 Oct 2006 11:45:00 +0000

Telefónica Móviles España y la Junta de Extremadura han puesto en marcha el estudio Telesueño, una iniciativa pionera en el mundo con la que se pretende controlar a los enfermos de apnea del sueño a través de la telefonía móvil y evitarles los desplazamientos al centro hospitalario.

La apnea del sueño es una condición caracterizada por episodios de suspensión de la respiración mientras la persona está durmiendo, provoca ronquidos, dolores de cabeza y aumento de peso entre otros.

El proyecto se realizará con 360 pacientes de ocho centros hospitalarios españoles y lo llevarán a cabo la Sociedad Española de Neumología, Telefónica Móviles España y el Servicio Extremeño de Salud a través del área de Neumología del hospital San Pedro Alcántara (Mérida).

Los pacientes llevarán un dispositivo para captar los resultados respiratorios (si entra o no aire por la boca, si se mueve el tórax y el abdomen, el oxígeno de la sangre y en qué posición está el paciente) que se trasmitirán al hospital a través de tecnología móvil GPRS/UMTS. Estos resultados, recogidos durante toda la noche, quedarán registrados en una web para que los médicos puedan acceder a ellos de forma inmediata y elaborar el diagnóstico oportuno.

Con Telesueño se mejora el método tradicional de detección del síndrome de apnea del sueño que obliga al paciente a dormir varias horas en el centro hospitalario para registrar las señales eléctricas del cerebro y controlar la respiración.

Diálisis en casa a través del teléfono móvil en Madrid

noreply@blogger.com (3isa) — Sat, 07 Oct 2006 11:43:00 +0000

El hospital de la Princesa, en Madrid, puso ayer en marcha una experiencia piloto de telemedicina. El centro ofrece a sus pacientes llevar a cabo su tratamiento de diálisis en su casa y permanecer en contacto con el equipo médico que le atiende a través de telefonía móvil de tercera generación (UMTS), que permite la transmisión de voz, imagen y datos. En el proyecto participan 10 pacientes.

Fundación Telefónica, Telefónica Móviles España y Baxter, colaboradores del proyecto, explican en una nota que su objetivo es mejorar la calidad de vida de los pacientes con insuficiencia renal. 'Esta medida beneficia a los pacientes armonizando su actividad con la carga del tratamiento', afirmó el director gerente del hospital, Jorge Gómez Zamora.

Seis de los pacientes han recibido terminales móviles 3G para poder realizar la hemodiálisis y diálisis peritoneal en sus domicilios siguiendo las instrucciones de sus médicos.

Fuente: CincoDias.com

Jornadas de Investigacion en Aragon

noreply@blogger.com (3isa) — Fri, 29 Sep 2006 17:32:00 +0000

Hola a todos. Me acaba de llegar este mail de la asociación ABIJIA. Os lo pongo.

Buenos días:

Para los días 23 a 26 de octubre hemos organizado unas jornadas dedicadas al personal investigador en formación, estudiantes de los últimos cursos, bueno, a toda la comunidad universitaria en general, que hemos titulado "Semana Naranja de la Investigación en Aragón".

El objetivo de esta Semana Naranja es servir sobre todo como fuente de información sobre todo lo relacionado con la investigación y la figura del "becario".
A través de mesas redondas y talleres intentaremos que a todos nos quede más claro qué tenemos que hacer con la declaración de la renta, o qué podemos hacer después de terminar la tesis, o cómo pedir una beca para hacerla, o qué va a pasar con el nuevo sistema de doctorado...

Cualquier sugerencia que queráis plantear, o temas que queráis que se hablen en la Semana Naranja, podéis escribirnos a becarios@unizar.es

La asistencia y participación es totalmente libre.

En los próximos días seguiremos informándoos de los contenidos de la Semana Naranja y las actividades que hemos organizado.

Un saludo,

Iñaki Delso
ABIJIA

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Asociación de Becarios de Investigación y Jóvenes Investigadores de Aragón
ABIJIA
http://www.unizar.es/becarios

Federación de Jóvenes Investigadores FJI-Precarios
http://www.precarios.org