La paradoja de San Petersburgo

Oferta de cesión del blog

2008-05-13T16:49:00.002+02:00

Un cordial saludo a todos.

Como ya sabéis hace un par de semanas que anuncié que dejaba de escribir en el blog. Tengo que decir que era una decisión bastante triste para mi. Por eso he decidido ofrecer la posibilidad a quien quiera de continuar escribiendo en este blog.

Para ello escribirme un correo a ana.ismi.3isa@gmail.com o jacroman@magrathea.es explicándome vuestros objetivos e ideas para este blog. Cedería el blog por un periodo mínimo de un año prologable. Es más, si alguien colaborase asiduamente yo también participaía (ya que tendría que dedicarle menos tiempo).

Lo dicho, espero vuestros mails.

Esto... aunque parezca algo obvio, está acabado

2008-04-04T21:01:00.002+02:00

Hola a todos.

Es cierto, hace mucho que no escribo y os debo una explicación. Diversos proyectos, temas familiares y en algunos momentos mi pereza desembocaron en este largo silencio que hoy rompo. El blog se acaba, el blog ya estaba acabado. Han sido muchos meses escribiendo en él y estoy triste por la decisión que he tomado de cerrar el blog. No es una clausura total, el blog seguirá online para que cualquier persona pueda seguir consultando lo escrito en él, pero yo, ya no escribiré. Es cierto, hacía mucho que ya no escribía.

Hoy cierro este capítulo en el mundo de los blogs. Gracias. Gracias a todos los que habéis colaborado en él y lo habéis visitado.

Ahora me podéis encontrar en http://calejero.blogsome.com, un blog sobre programación y, en especial, sobre Oracle.

Nuevamente, GRACIAS A TODOS. HASTA PRONTO AMIGOS

Problemas de Genética General

2007-01-22T22:37:00.000+01:00

Hola a todos. Aquí os dejo dos ejercicios de genética general. A ver quien los resuelve. En los próximos días pondré las soluciones.

Un saludo a todos.

1. Mendel descubrió que el color amarillo de la semilla de los guisantes es dominante sobre el color verde. En los siguientes experimentos, plantas con fenotipos conocidos, pero con genotipos desconocidos, dieron lugar a la siguiente descendencia:

1) Amarilla x Verde = 82 Amarillas + 78 Verdes.

2) Amarilla x Amarilla = 118 Amarillas + 39 Verdes.

3) Verde x Verde = 50 Verdes

4) Amarilla x Verde = 74 Amarillas

5) Amarilla x Amarilla = 90 Amarillas

Según la proporción de descendientes, indíquense los genotipos más probables de cada progenitor.

2. En el ganado vacuno la falta de cuernos es dominante sobre la presencia de cuernos. Un toro sin cuernos se cruzó con tres vacas. Con la vaca A, que tenía cuernos, tuvo un ternero sin cuernos; con la vaca B, también con cuernos, tuvo un ternero con cuernos; con la vaca C, que no tenía cuernos, tuvo un ternero con cuernos. ¿Cuáles son los genotipos de los cuatro progenitores? ¿Qué otra descendencia, y en qué proporciones, cabría esperar de estos cruzamientos?

Nuevo Folding@Home software para Windows Vista

2007-01-17T16:59:00.000+01:00

Hola a todos. Hoy Francisco Barroso, amigo y colaborador del grupo Paradoja de San Petersburgo Folding@home Group que participa en el proyecto Folding@home (página en español http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/spanish/) me ha escrito y preguntado entre otras cosas cómo es que no entregaba ninguna unidad desde hacía unos meses. Entre otras razones es mi reciente (dos meses es reciente?) instalación de Windows Vista en mi Pc. La versión 4 del software para el cliente de folding@home no funcionaba para vista (si me he dado cuenta esta tarde) pero rebuscando en su página web (en inglés) he encontrado una nueva versión para Windows Vista.

Aquí tenéis el enlace de descarga.
Descarga

Os dejo también el enlace a la página con las estadísticas del grupo.
Estadísticas

La influyente bióloga Lynn Margulis visita Zaragoza

2007-01-16T21:49:00.000+01:00

A través del correo interno de mi Universidad (Universidad de Zaragoza) me ha llegado la siguiente noticia:

El Ateneo del CPS se honra en recibir a uno de los científicos más destacados de la actualidad, posiblemente la mujer más influyente en las ciencias biológicas a nivel mundial. Tan sólo en su calidad de creadora de la Teoría Simbiótica sobre el origen de las células complejas (eucariotas), en los años 70, corroborada luego en multitud de trabajos experimentales, Lynn Margulis ha cambiado de un modo irreversible la biología de nuestro tiempo. El dominio indiscutido del darwinismo reduccionista ha dejado paso a la búsqueda de modelos más sofisticados e integradores sobre la competencia/colaboración en la evolución de las especies. La propia Lynn ha contribuido, a través de la Teoría GAIA (propuesta junto a James Lovelock), a una nueva visión acerca de cómo el conjunto de especies de la Biosfera integrarían un organimo global con propiedades emergentes cuasi-cibernéticas a nivel planetario. En esta época nuestra que demanda una nueva articulación de la ciencia, la tecnología y las actividades económicas con las realidades de la Naturaleza, el pensamiento de Lynn supone una poderosa fuente de inspiración.

Día: 17/01/2007

Hora: 18:00

Lugar: Salón de Actos, Edificio Ada Byron, CPS

Ponente: Lynn Margulis
Distinguished Professor, University of Massachusetts-Amherst
National Academy of Sciences (USA)
Russian Academy of Natural Science
National Medal of Science (1999, Pte. Bill Clinton)

Presentador: Ricardo Guerrero
Catedrático de Microbiología de la Universidad de Barcelona
Professor of Graduate Studies, University of Massachusetts-Amherst
Fellow de la Linnean Society de Londres
---------------------------------------------------------------------

Otras sesiones programadas del Ateneo

Central Dogma 1.0

2007-01-15T16:04:00.000+01:00

A small application that will translate nucleotide sequences and back-translate amino acid sequences.

More information

Download

System Requirements

Mac OS X 10.3 or later

Download Details

Company:	University of California at Davis
Version:	1.0
Post Date:	January 3, 2007
License:	Freeware
File Size:	307K
URL Type:	Download
Download ID:	12514

Beca para el proyecto europeo MIGRESIVES

2007-01-06T14:02:00.000+01:00

Perfil del candidato:

Licenciado en Bioquímica o Ciencias Químicas
Conocimientos de Química Analítica y de Química Orgánica,
principalmente en cromatografía y espectrometría de masas.
Conocimientos de inglés hablado y escrito
Se valorarán además:
Conocimientos o formación en Medio Ambiente
Participación en actividades de I+D. proyectos, publicaciones,
congresos, etc.

Duración de la beca:

DURACIÓN. 3 AÑOS
MOTIVO. REALIZACIÓN DE LA TESIS DOCTORAL
TEMA. ADHESIVOS EN ENVASE ALIMENTARIO.
INTERACCIONES CON DIFERENTES MATERIALES,
MIGRACIÓN, DESARROLLO DE MÉTODOS DE
ANÁLISIS.

Documentación a presentar:

Deberán justificarse los méritos alegados.

Límite presentación de candidatos:

Las solicitudes deberán enviarse a Prof. Dra. Cristina Nerín,
CPS, Universidad de Zaragoza ANTES DEL 15 DE ENERO
DE 2007.

Explorando el genoma del homo sapiens

2007-01-06T13:58:00.000+01:00

Assembly:	NCBI 36, Oct 2005
Genebuild:	Ensembl, Aug 2006
Database version:	42.36d
Known genes:	21,774
Novel genes:	1,036
Pseudogenes:	1,069
RNA genes:	3,994
Genscan gene predictions:	69,185
Gene exons:	270,661
Gene transcripts:	44,676
Variations:	11,287,592
Base Pairs*:	3,253,037,807
Golden Path Length**:	3,093,120,360

* Total number of base pairs = sum of lengths of DNA table
** Reference assembly (Golden path) length = sum of non-redundant top level seq regions

Información extraída de http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/index.html

Feliz Año 2007

2006-12-31T18:46:00.000+01:00

Hola a todos. Quiero aprovechar este blog para felicitar el año nuevo a todos los que lo visitáis habitualmente.

Gracias a todos por seguir este blog.

Un cordial saludo y feliz año nuevo.

DNA, ayuda a la doctora Thompson.

2006-12-23T18:25:00.000+01:00

Un saludo a todos. Aunque estas últimas semanas estoy algo desconectado ya que mi salud no me permite muchas alegrías hoy tengo tiempo para hablaros de un juego que por casualidad llegó a mi en forma de Flash aunque tiene su versión PC correspondiente. Se llama DNA.

Como todos vosotros sois muy listos ya sabréis de que va el juego. Es tipo Puzzle y consiste en unir elementos para formar nuevas especies de flores. Ayuda a hacer nuevas combinaciones de las proteínas que se convertirán en las nuevas células, que crecerán y se convertirán en flores asombrosas. También tienes que tener en cuenta la posible intromisión de virus desde el exterior.

Os dejo una captura de imagen y el enlace al juego en flash.

DNA en flash.

Zaragoza entra a formar parte de la Red Española de Supercomputacion

2006-11-28T17:41:00.000+01:00

El Instituto de Biocomputación y Física de Sistemas Complejos (BIFI) se convierte con esta nueva infraestructura en una de las instituciones punteras en potencia de computación a nivel mundial

Las nuevas necesidades en la investigación y el desarrollo de las nuevas tecnologías están impulsando el desarrollo de nuevas estructuras más ágiles, descentralizadas y potentes. Ante esta situación, el Ministerio de Educación y Ciencia ha creado la Red Española de Supercomputación (RES). Se trata de una estructura de seis superordenadores distribuidos por la geografía nacional, conectados con redes de alta velocidad para dar soporte a las necesidades de supercomputación de los diferentes grupos de investigación españoles.

El núcleo de la RES se sitúa en el BSC (Barcelona Supercomputer Center), donde se encuentra instalado el superordenador Mare Nostrum, actualizado recientemente, lo que lo sitúa entre los ordenadores más potentes del mundo. Los nodos de esta red están en Barcelona (BSC), en Madrid (Centro de Supercomputacion y Visualizacion de Madrid) el Instituto Astrofísico de Canarias (IAC), el Instituto de Física de Cantabria (IFCA), la Universidad de Málaga, y en nuestra comunidad en el Instituto de Biocomputación y Física de Sistemas Complejos (BIFI), de la Universidad de Zaragoza (www.bifi.es).

Esta Red Nacional de Supercomputación es una gran instalación distribuida. La RES esta constituida por diferentes centros, cada uno de ellos albergando un gran superordenador, conectados todos ellos por una conexión a alta velocidad (al menos un Gbit/segundo) de modo que pueden comunicarse entre ellos, distribuir tareas y recursos. Haciendo un simil la RES es como una red de ordenadores de una empresa, donde cada unidad elemental en lugar de ser el PC de una mesa de despacho es un superordenador. Las unidades elementales están conectadas entre si, y todos los recursos, ficheros y archivos, son compartidos entre todos los usuarios. Los investigadores verán la infraestructura como algo único, enviarán sus trabajos que se ejecutarán indistintamente en cualquiera de los nodos que al estar en Red compartirán sus recursos.

En los ordenadores de la RES se ejecutaran los programas más complejos y ambiciosos de los investigadores españoles. Algunas de las líneas de investigación son:

* Estudio de proteínas y diseño de fármacos
* Genómica y ADN
* Cambio Climático y Calidad del Aire
* Simulación de barco español en la Copa América
* Formación y Evolución del Universo
* Simulación de Plasma en reactores de fusión

La mayoría de estos problemas serían inabordables sin un gran ordenador como el que ahora se constituye. El estar distribuido no supone problema para la realización de los cálculos, pues la red a alta velocidad que los une, permite intercambiar recursos e información a gran velocidad.

La RES presenta por primera vez esta ventaja de ofrecer una infraestructura única para los grupos de investigación, pero que físicamente esta distribuida a lo largo de la geografía nacional optimizando recursos y permitiendo la participación de varias comunidades en las nuevas tecnologías.

El Instituto de Biocomputación y Física de Sistemas Complejos (BIFI) de la Universidad de Zaragoza es una de las instituciones punteras en potencia de computación. Ahora, con su entrada como uno de los seis nodos de la Red Española de Supercomputación, el BIFI recibirá una máquina con 512 procesadores. De la potencia total, el 20% será de libre disposición por el Instituto, y el 80% restante será utilizado dentro de la RES, que decide la asignación según criterios de calidad científica entre los investigadores que lo soliciten a nivel nacional.

La elección del BIFI para ser nodo de la RES tiene su origen en la larga experiencia del Instituto en el uso de Clusters de PCs bajo Linux y en el soporte a usuarios de diferentes campos de investigación.

El núcleo de RES, el ordenador Mare Nostrun del BSC (www.bsc.es), se sitúa el primero de Europa y el quinto del mundo en cuando a nivel de potencia de computación, según la reconocida lista de los "top 500" (www.top500.org). Los top 500 es el equivalente a “Los 40 principales” de la música, pero a nivel mundial. En base a criterios puramente objetivos que consisten en la resolución de problemas matemáticos complejos, se evalúa la potencia de cada máquina, y cada mes se elabora la lista con la potencia obtenida en cada uno de ellos. En esta nueva situación, el ordenador de la Universidad de Zaragoza logra entrar en esta lista en el puesto 417.

En el núcleo Mare Nostrum, en su primer año de funcionamiento, se han ensayado más de 200 proyectos. Con esta ampliación, este número podría duplicarse. En este sentido, el BIFI utilizará este nuevo recurso computacional para acelerar sus investigaciones en dos aspectos principalmente: la simulación de plasma en reactores de fusión para el proyecto ITER y la simulación de proteínas para estudiar su plegamiento, su estabilidad y el desarrollo de fármacos.

El BIFI desarrolla desde hace dos años una estrecha colaboración con el CIEMAT para el estudio del comportamiento del plasma en reactores de fusión. La carestía de los combustibles fósiles y el aumento del efecto invernadero hace obligatorio la búsqueda de energías limpias e inagotables. El proyecto ITER (International Tokamak Experimental Reactor) es un proyecto internacional para el desarrollo de un reactor que genera energía a partir de Hidrogeno y no produce efecto invernadero ni residuos radiactivos. Esto es un gran desafío científico y tecnológico, en el que el BIFI colabora para simular el comportamiento del plasma, el combustible del reactor. Desde el BIFI ya se utilizó el anterior Mare Nostrum para estas simulaciones, y el acceso a la nueva RES permitirá un avance en los resultados.

El Instituto de la Universidad de Zaragoza también trabaja en la simulación del comportamiento de las proteínas. Las proteínas están en el origen de numerosas enfermedades y en los grandes superordendores podemos simular como se comportan frente a ciertos compuestos que luego pueden ser utilizados como medicamentos para el tratamiento de dichas enfermedades. Sólo con el uso de superordenadores es posible este estudio.

La ampliación del BIFI y su conversión en nodo de la red Española de Supercomputación estará operativa a primeros de 2007, ubicada en la Facultad de Ciencias.

El rector de la Universidad de Zaragoza, Felipe Pétriz, la consejera Ciencia, Tecnología y Universidad Ángela Abós, el director del BSC, el aragonés Mateo Valero, y José Félix Sáenz Lorenzo, director del BIFI, presentarán esta nueva infraestructura el próximo lunes 4 de diciembre en el Salón de Grados de la Facultad de Ciencias.

En dicho acto, Mateo Valero pronunciará una conferencia sobre el nuevo ordenador Mare Nostrun y la Red Española de Supercomputuación

La Universidad e Ibercaja colaboran en I+D para medicina regenerativa

2006-11-22T21:49:00.000+01:00

Ibercaja y la Universidad de Zaragoza, colaboran en un proyecto de investigación en medicina regenerativa, realizado en el marco del convenio de colaboración que ambas instituciones mantienen desde hace más de 20 años y que se renovó el pasado 12 de junio.

El proyecto, elaborado por un grupo de investigación multidisciplinar de la Universidad de Zaragoza, financiado con 80.000 euros por Ibercaja y con el apoyo del grupo GAMER del Instituto de Ciencias de la Salud del Gobierno de Aragón, se basa en la utilización de células madre adultas, en combinación con andamiajes, para la regeneración de tejidos involucrados en patologías de hueso, cartílago o tendón. Su nombre científico es “mecanobiología de la regeneración tisular: Modelado y validación in-vitro”.

El objetivo de este estudio, el primero de estas características que se realiza en Aragón, es determinar la influencia de los factores mecánicos y bioquímicos sobre procesos celulares de proliferación, diferenciación y migración de células madre adultas (mesenquimales). Para ello, se ha creado un grupo multidisciplinar donde trabajan 44 investigadores Ingenieros y Veterinarios de la Universidad de Zaragoza. Se trata del grupo GEMM (Grupo de Estructuras y Modelado de Materiales), que pertenece al Instituto de Investigación en Ingeniería de Aragón (I3A), dirigido por Manuel Doblaré y del grupo LAGENBIO (Laboratorio de Genética Bioquímica) de la Facultad de Veterinaria, dirigido por Pilar Zaragoza.

Teniendo en cuenta que existen datos que indican la posible interacción entre la diferenciación que siguen las células y la elasticidad de la matriz donde se encuentran, este proyecto de investigación trata de estudiar distintos factores mecánicos y bioquímicos que puedan afectar a la regeneración de tejidos como hueso, cartílago o tendón. Para ello se trabaja en este proyecto con células madre adultas (células mesénquimales) combinando de forma innovadora tres metodologías interdisciplinares: cultivos in vitro ( en el laboratorio), estudios computacionales y experimentación in vivo.

Así, el proyecto se enmarca en medicina regenerativa y concretamente, en ingeniería de tejidos, ciencia que trata de diseñar y fabricar estructuras organizadas tridimensionalmente con propiedades mecánicas similares a las de los tejidos vivos dañados y sobre estos “andamiajes”, naturales o artificiales, se desean alojar las poblaciones celulares en tamaño, tipología y grado de maduración adecuados para restaurar la función de órganos y tejidos en el organismo.

En este sentido, se abren nuevos e importantes retos relativos a las posibles aplicaciones del uso de células madre en la medicina regenerativa. De hecho existen ya decenas de empresas y laboratorios de investigación en distintas Universidades que están desarrollando proyectos con el objetivo de encontrar nuevos tratamientos en distintas patologías como, enfermedades coronarias, neurológicas, diabetes, problemas óseos y de cartílago, piel, cáncer y transplantes en general, etc.

También, existen publicaciones muy recientes que muestran la reconstrucción de un dedo, una arteria, una vejiga, un trozo de hueso o incluso la reconstrucción de una mandíbula utilizando como birreactor el propio cuerpo humano. En España hasta el momento solo existen cuatro empresas relacionadas con la Ingeniería Tisular y en Aragón todavía no existen.

En concreto, los objetivos específicos del proyecto que hoy han presentado Ibercaja y la Universidad de Zaragoza son:
Puesta en marcha del cultivo de células madre adultas humanas, de ratón y caballo en monocapa y sobre andamiajes tridimensionales.
Establecimiento de un modelo matemático para predecir comportamientos celulares tras diversos estímulos mecánicos y biológicos.
Estudio en modelos animales para su aplicación en humana
Establecimiento de un modelo computacional para simular órganos y patologías en animales, y posterior aplicación en humanos.

Grupos participantes

1.-GEMM (Grupo de Estructuras y Modelado de Materiales). Del Instituto de Investigación en Ingeniería de Aragón (I3A, de la Universidad de Zaragoza. Responsable Manuel Doblare. http://gem.unizar.es

Grupo de investigación de Excelencia (BOA 20 de Abril de 2005) y miembro del CIBER del IB.
Formado por 16 doctores (profesores, RyC, JdC y contratados doctores) del Centre Politécnico Superior (CPS) más 4 doctores de Medicina
Doctorandos: 2 F.P.U, 1 F.P.I, 1 ALBAN y varios en proyectos (12 tesis en realización en biomecánica).

2.-LAGENBIO (Laboratorio de Genética Bioquímica). Facultad de Veterinaria, I3A y Universidad de Zaragoza. Responsable Pilar Zaragoza. http://www.unizar.es/lagenbio

Grupo de investigación Consolidado del Gobierno de Aragón (BOA 2003)
Formado por 14 doctores (profesores, RyC y contratados doctores) de la Facultad de Veterinaria, Hospital Clínico Universitario y CITA
6 Doctorandos (becarios y contratados) con 8 tesis en realización en Genética Molecular e Ingeniería Genética
2 técnicos

El 10% del genoma explica las diferencias entre las personas

2006-11-22T21:35:00.000+01:00

Cada individuo tiene sus particularidades. Somos de la misma especie, pero el material genético de cada humano es diferente. Un grupo internacional de científicos, españoles incluidos, ha identificado y catalogado las variaciones de los 'trocitos' de ADN que hacen exclusivo a cada ser humano.

En su búsqueda han descubierto que son mucho más abundantes de lo que se creía hasta ahora. Las variaciones pueden suceder en más de un 10% de los genes del hombre y esconden información que determina que un individuo tenga más predisposición a padecer ciertas enfermedades o su respuesta a ciertos tratamientos médicos.

El trabajo lo acaba de publicar la revista 'Nature' y ha sido realizado por un consorcio de científicos británicos, japoneses, estadounidenses, canadienses y españoles. Después de la secuenciación del genoma humano hace cinco años, "éste es quizás el paso más importante en este ámbito, ya que hemos descubierto las zonas a las que mirar en detalle" para encontrar las claves de muchas patologías, ha señalado Xavier Estivill, del Centro de Regulación Genómica (CRG), uno de los participantes españoles en el proyecto, junto a Lluís Armengol, Juan Ramón González y Mónica Gratacós, todos ellos del Programa Genes y Enfermedad, que dirige Estivill en el CRG.

De cada gen, los humanos tenemos generalmente dos copias, una heredada de cada progenitor. Los científicos han encontrado cerca de 2.900 genes (más del 10% de los genes del genoma humano) que pueden sufrir 'variaciones en el número de copias' (CNV) de unos 'trocitos' determinados. Estos segmentos del genoma están formados por unos 1.000 pares de bases cada uno.

Hasta ahora se creía que cada persona difería de otra en un millón de los más de 3.000 millones de nucleótidos que componen el genoma humano. Sin embargo, se ha demostrado que entre dos personas hay más de 20 millones de nucleótidos de diferencia, que se agrupan en 1.400 regiones del genoma.

Los mecanismos que producen las variaciones de copias de estos 'trocitos' especiales de ADN no se conocen aún en profundidad. Las regiones susceptibles de cambiar pueden faltar o estar duplicadas. Ahí podría residir la clave para la comprensión de ciertas enfermedades. "Que falte una región puede ser beneficioso o perjudicial, dependiendo del caso", ha señalado Estivill.

Una confluencia de determinados cambios muy concretos en estos 'trocitos' variables de genoma pueden desembocar en la predisposición a padecer una patología, como el mal de Alzheimer o la enfermedad de Parkinson, entre otras muchas. El equipo de científicos ha observado que hasta el 16% de las enfermedades genéticas conocidas (entre ellas los síndromes de DiGeorge, Angelma, Williams-Beuren o Prader-Willi) se pueden asociar con estas CNVs. También patologías menos raras y con un componente genético menor, pero igualmente determinante, como la esquizofrenia, cataratas, atrofia muscular espinal y la aterosclerosis.

Asímismo, han observado que los genes relacionados con la actividad y el desarrollo del cerebro y el sistema inmune son muy ricas en estas variaciones del genoma. En contraste, los genes implicados en la división celular tienden a sufrir pocas de estas variaciones.

Medicina individualizada

Estos cambios en el genoma también explican las diferentes respuestas ante un tratamiento farmacológico. Es un paso más hacia la medicina individualizada. Con ella, las terapias estarán diseñadas para cada individuo concreto, según su personalísimo genoma.

Los datos sobre estos fenómenos se han recogido en dos base de datos de acceso libre para los científicos, llamada ENSEMBL. La Wellcome Trust, que participa en el proyecto, también ha creado una base -DECIPHER- a la que pueden acceder los genetistas para incluir y compartir la información que tengan sobre apreciaciones clínicas vinculadas con CNVs.

Otro proyecto anterior, el HapMap, ha tratado de catalogar estas variaciones del genoma humano. Sin embargo, como explica el director de esta investigación, el doctor Matthew Hurles, ese trabajo ha aportado información de enorme valor, pero "la mayoría de los CNVs se han pasado por alto en sus mapas".

Noticia extraída de Elmundo.es

Ya tenemos 1 año de vida. Gracias a todos por visitar este blog

2006-11-13T15:52:00.000+01:00

Hola a todos. Quiero dar las gracias a todos aquellos que visitáis asiduamente este blog. Hoy cumplimos un año, un año desde aquel domingo 13 de noviembre en donde decidí crear y desarrollar este blog.

Espero continuar mucho tiempo más (si el trabajo y los estudios lo permiten) escribiendo en este blog.

Nuevamente, gracias a todos.

Próximos seminarios en el CIC

2006-11-10T18:10:00.000+01:00

El CIN -Centro de Investigación del Cáncer, Salamanca- impartirá los siguientes seminarios:

16-11-2006
José María de Pereda Vega. Instituto de Biología Molecular del Cancer de Salamanca (IBMCC),Salamanca
Arquitectura de Hemidesmosomas
Lugar: Salón de Actos del CIC
Hora: 12:30

23-11-2006
David Herrero Martín. Instituto de Biología Molecular del Cancer de Salamanca (IBMCC),Salamanca
RNA de interferencia como metodología de búsqueda de nuevas dianas terapéuticas en tumor de Ewing
Lugar: Salón de Actos del CIC
Hora: 12:30

Pronto cumplimos un añito

2006-11-10T18:07:00.000+01:00

Estamos ya cerca de cumplir un año de vida. El primero de muchos -eso espero-. Gracias a todos los que cada día accedéis a este blog sobre bioinformática.

Google Search Engine

2006-10-24T15:16:00.000+02:00

Hola a todos. Acabo de leer que Google ha sacado una utilidad para "personalizar" las búsquedas que realicemos.

Google ha lanzado una herramienta para que los responsables de publicaciones web o los blogueros puedan crear búsquedas personalizadas en sus propios sitios, es decir, que puedan posicionar las búsquedas como quieran dentro de sus propios buscadores personalizados.

De esta manera, gracias a esta nueva herramienta (llamada Google Custom Search Engine) podrán realizarse búsquedas relevantes o limitar el contenido de sus búsquedas.

Así podremos determinar que en lugar de buscar en toda la red busque en unas determinadas webs que nosotros le hemos definido.

Ya he creado una versión para Bioinformática. Está abierta para que entre todos pongamos las webs que creamos más oportunas.

Un saludo. Os dejo la dirección.

http://www.google.com/coop/cse?cx=005416843626284722773%3Ap-hizpylnxi

Cientificos crean retina artificial

2006-10-22T12:55:00.001+02:00

Investigadores han desarrollado un chip que imita el trazado neural de una retina verdadera. Este avance puede ayudar a diseñar mejoras bionicas para quienes tengan marcadas perdidas visuales.

Anualmente, cerca de 700 mil personas alrededor del mundo han sido diagnosticadas con degeneraciones visuales que afectan severamente las celulas de la retina.

La mayoría de las retinas artificiales conectan por lo general a una cámara de video externa con un implante detrás del ojo vía computadora (véase "El ojo bionico puede ayudar a revertir la ceguera"). El nuevo chip de silicio creado por Kareem Zaghloul en la Universidad de Pennsylvania, y por su colega Kwabena Boahen de la Universidad de Stanford, en los E.E.U.U., podria eliminar la necesidad de una cámara y de una computadora externa.

El circuito fue construido usando como modelo una retina mamífera. El chip contiene los sensores y circuitos luminicos con funciones muy similares a los nervios de una retina verdadera, filtrando automáticamente la masiva cantidad de datos visuales recogidos por el ojo para dejar solamente lo qué el cerebro utiliza construir un imagen del mundo.

El chip mide 3.5 x 3.3 milímetros y contiene 5760 fototransistores del silicio, que toman el lugar de las neuronas sensibles a la luz en una retina viva. Éstos están conectados hasta con 3600 transistores, que imitan las células nerviosas que procesan la información luminica y la pasa al cerebro para procesamiento superior. Hay 13 tipos de transistores, cada uno con funcionamiento levemente diverso, imitando los diferentes tipos de células nerviosas existentes en una retina verdadera.

Kareem Zaghloul dice que el chip "hace un buen trabajo con algunas de las funciones que una retina verdadera realiza". Por ejemplo, el chip de la retina se puede ajustar automáticamente a las variaciones de intensidad de la luz y ajustar el contraste. Más impresionante, dice Patrick Deganeer, experto del neurobionica del Imperial College en Londres, que también se ocupa del movimiento de la misma manera que una retina viva.

Visto en NewScientistTech.

La computadora de ADN invencible al tres en raya

2006-10-20T16:10:00.000+02:00

Un computador que usa cadenas de ADN para realizar cálculos ha llegado a dominar el juego de tres en raya.

MAYA-II, desarrollado por investigadores de las Universidades de Nuevo Méjico y Columbia, en Estados Unidos, usa un sistema de puertas lógicas de ADN para calcular las jugadas.

Las puertas lógicas usadas por MAYA-II consisten en cadenas de ADN a las que se unen otras cadenas específicas, que funcionan como entrada de datos. La unión hace que una región de la primera cadena empiece a funcionar como una enzima que modifica otra pequeña cadena corta de ADN, que actúa como salida de datos.

Ya se han desarrollado computadoras de ADN capaces de hacer cálculos simples como esos. La novedad es que los investigadores responsables de MAYA-II proponen que su diseño debiera de ser especialmente útil en el desarrollo de métodos para identificar marcadores genéticos asociados a ciertas enfermedades.

Otro nivel

Una persona juega con MAYA-II añadiendo una secuencia de ADN que representa la jugada escogida en un determinado momento del juego. La secuencia es añadida a los 8 compartimentos que representan los cuadrados externos de un tablero de tres en raya. Una limitación del sistema es que el jugador debe jugar siempre en segundo lugar, después de que el cuadrado central haya sido ocupado por la máquina.

La versión anterior de MAYA, hecha publica en 2003, tenía todavía mas limitaciones. El primer movimiento del oponente humano estaba restringido a uno o dos cuadrados.

Cada compartimento contiene entre 14 y 18 puertas lógicas de ADN. Después de que la persona ha hecho su jugada, MAYA-II responde mediante una reacción de ADN. La cadena de ADN producida como salida es utilizada como entrada por otra serie de puertas lógicas de ADN que conectan los diferentes compartimentos. Esto da lugar a una reacción química que genera una fluorescencia verde en el cuadrado que MAYA-II ha seleccionado para su próxima jugada. La cadena de ADN también interacciona con los compartimentos restantes, induciéndolos a responder apropiadamente en jugadas futuras.

'MAYA-II' eleva la biocomputación a otro nivel de potencia', explica Joanne Macdonald, una investigadora de la Universidad de Columbia que colaboró en la construcción del sistema. 'Es parecido a la invención de los primeros microchips, con cientos de puertas lógicas'.

La dirección correcta

'Este tipo de experimentos van en la dirección correcta para que se desarrolle la computación con ADN', afirma Martyn Amos, un experto de la Universidad Metropolitana de Manchester, en el Reino Unido. Pero añade que 'no es algo que pueda competir contra el silicio'.

'Jugar con MAYA-II requiere mucho tiempo', admite Macdonald. El sistema necesita entre 2 y 30 minutos para calcular cada jugada y una segunda máquina es necesaria para convertir las señales fluorescentes generadas cada vez, en un movimiento sobre el tablero.

Sin embargo, Macdonald cree que la técnica puede ayudar a los investigadores a refinar los métodos de análisis para muestras de ADN. De hecho, ella ya está usando puertas lógicas de ADN para separar virus y detectar combinaciones particulares de mutaciones.

Amos coincide en que MAYA-II puede ayudar a los investigadores en ese sentido. Sin embargo, advierte que las moléculas de ADN usadas no pueden ser controladas perfectamente y podrían tener una tendencia a funcionar mal ocasionalmente.

Fuente noticia: New Scientist

¿¿CUANTOS METROS INVESTIGAMOS??

2006-10-17T20:21:00.000+02:00

Con esta atractiva frase leo el siguiente mensaje que me ha llegado a mi correo estos días de la Asociación de Becarios de Investigación y Jóvenes Investigadores de Aragón (ABIJIA).

Os escribo el mensaje íntegro.

Con motivo de la Semana Naranja que estamos preparando desde ABIJIA, nos hemos propuesto calcular CUANTOS METROS INVESTIGAMOS los becarios en la Universidad de Zaragoza.

Haznos llegar tu trabajo: abstracts que hayas mandado a congresos, arículos, pósters, etc...siempre en tamaño folio. Los uniremos y veremos, entre todos, "cuantos metros de investigación" estamos generando. No importa la naturaleza de tu beca, ni el departamento en el que estés, ¡¡¡Habla con tus compañeros de departamento y anímate!!!

Puedes hacerme llegar directamente a mi tu colaboración por correo interno, o durante las charlas en la Semana Naranja, siempre habrá alguien de ABIJIA a quien puedas entregarselo.

La fecha límite es el jueves día 26 de Octubre.

¡¡COLABORA!!

Os dejo el enlace con su página web.
ABIJIA

Si os queréis apuntar a su lista de correo enviad desde la dirección donde queréis recibir sus mails un mensaje en blanco a bercaires-subscribe@yahoogroups.com

VII Annual Spanish Bioinformatics Conference -Alojamiento-

2006-10-12T15:42:00.000+02:00

Aquí os dejo información relacionada con el alojamiento.

Cada participante debe reservar directamente su alojamiento. La lista de hoteles disponibles es la siguiente:

Precios de habitaciones dobles:

Hotel	Cat.	Uso individual	Uso doble	Desayuno	IVA
MELIA	*****	106 €	106 €	15 €	7%
GOYA	****	61,65 €	86 €	Incluido	7%
ROMAREDA	****	65,32 €	-	Incluido	Incluido
HUSA ROYAL	***	65,97 €	82,50 €	Incluido	Incluido
GRAN VIA	***	65 €	89 €	6 €	7%
RAMIRO	***	60 €	74 €	7,75 €	7%

Disponibilidad de plazas para el congreso:

Hotel	N. hab.	Hasta	Teléfono	Dirección
MELIA	20	6 Nov.	(34) 976 43 01 00	Avd. César Augusto, 13
GOYA	80	-	(34) 976 22 93 31	C/ Cinco de Marzo, 5
ROMAREDA	20	20 Oct.
HUSA ROYAL	25	-	(34) 976 21 46 00	C/ Arzobispo Domeneq, 4
GRAN VIA	-	-	(34) 976 22 92 13	C/ Gran Vía, 38
RAMIRO I	25	-	(34) 976 29 82 00	C/ Coso, 123

Cuando haga la reserva, tiene que especificar que es para Las Jornadas de Bioinformática. Pueden consultar la direccion de los hoteles en el Callejero de Zaragoza.

Mas Información

Puede informarse en los teléfonos de la agencia de turismo de Zaragoza: 902 20 12 12 ó 976 20 12 00 o bien vía e-mail en:

VII Annual Spanish Bioinformatics Conference -Más noticias-

2006-10-12T15:38:00.000+02:00

Hola a todos. Los días van pasando y ya queda menos para las VII jornadas de Bioinformática que se van a celebrar en mi ciudad, Zaragoza (España). Aquí van las últimas noticias sobre las jornadas.

Por ahora esta es la lista de Ponentes confirmados.

Luis Serrano (EMBL, Heidelberg) - Plenaria

Jeffrey Skolnick - Plenaria

Peer Bork - Plenaria

Patrick Aloy (ICREA IRB-PCB)

Madan Babu

Joaquin Dopazo (CIPF, Valencia)

Nicolay Dokholyan

Ugo Bastolla (CBMSO, CSIC-UAM)

Holger Gohlke

Santiago Cuesta

Laurence Hurst

Mark Isalan

Victor de Lorenzo

Juan Poyatos (CNIO, Madrid)

Fede Abascal

Christian von Mering

Francesca Ciccarelli

Christine Orengo

Alberto Pascual (UCM, Madrid)

La estructuración de las jornadas:

Actividades Satélite

20 Nov 11:00 - 13:30: Mesa Redonda sobre Oportunidades de negocio en Bioinformatica: Biologia molecular e informática biomédica.

23 Nov 9:30 - 18:00: Curso INB: Tecnologías DAS, BioMOBY, Taverna

Sesion 1: Bioinformática Estructural

Temática: Interacciones proteína-ligando, diseño de fármacos, predicción estructural y diseño de proteínas, interacciones proteína-proteína y predicción de la función, clasificación y análisis estructural de proteínas, simulación molecular, determinación automática de estructuras y genómica estructural, plegamiento de proteinas, plegamiento anómalo y enfermedades relacionadas con éste, etc…

Sesion 2: Biología de Sistemas

Temática: Modelado de redes de interacción proteína-proteína, modelado de redes genéticas, análisis de promotores, identificación de sitios de unión de factores transcripcionales, integración de información -ómica, modelado y análisis de expresión génica, splicing, integración de datos, etc…

Sesion 3: Genómica Comparativa y Evolución

Temática: Detección de genes, aspectos evolutivos del splicing, desequilibrios de ligamientos, anotación, SNPs en enfermedades y evolucion, etc..

Sesion 4: Algoritmos y Bases de Datos

Temática: Minería de datos, tecnología de grid, manejo de bases de datos, computación a gran escala, etc...

Os dejo un pdf con información preliminar.

Proyecto para controlar la apnea del sueño a través de la telefonía móvil

2006-10-07T13:45:00.001+02:00

Telefónica Móviles España y la Junta de Extremadura han puesto en marcha el estudio Telesueño, una iniciativa pionera en el mundo con la que se pretende controlar a los enfermos de apnea del sueño a través de la telefonía móvil y evitarles los desplazamientos al centro hospitalario.

La apnea del sueño es una condición caracterizada por episodios de suspensión de la respiración mientras la persona está durmiendo, provoca ronquidos, dolores de cabeza y aumento de peso entre otros.

El proyecto se realizará con 360 pacientes de ocho centros hospitalarios españoles y lo llevarán a cabo la Sociedad Española de Neumología, Telefónica Móviles España y el Servicio Extremeño de Salud a través del área de Neumología del hospital San Pedro Alcántara (Mérida).

Los pacientes llevarán un dispositivo para captar los resultados respiratorios (si entra o no aire por la boca, si se mueve el tórax y el abdomen, el oxígeno de la sangre y en qué posición está el paciente) que se trasmitirán al hospital a través de tecnología móvil GPRS/UMTS. Estos resultados, recogidos durante toda la noche, quedarán registrados en una web para que los médicos puedan acceder a ellos de forma inmediata y elaborar el diagnóstico oportuno.

Con Telesueño se mejora el método tradicional de detección del síndrome de apnea del sueño que obliga al paciente a dormir varias horas en el centro hospitalario para registrar las señales eléctricas del cerebro y controlar la respiración.

Diálisis en casa a través del teléfono móvil en Madrid

2006-10-07T13:43:00.000+02:00

El hospital de la Princesa, en Madrid, puso ayer en marcha una experiencia piloto de telemedicina. El centro ofrece a sus pacientes llevar a cabo su tratamiento de diálisis en su casa y permanecer en contacto con el equipo médico que le atiende a través de telefonía móvil de tercera generación (UMTS), que permite la transmisión de voz, imagen y datos. En el proyecto participan 10 pacientes.

Fundación Telefónica, Telefónica Móviles España y Baxter, colaboradores del proyecto, explican en una nota que su objetivo es mejorar la calidad de vida de los pacientes con insuficiencia renal. 'Esta medida beneficia a los pacientes armonizando su actividad con la carga del tratamiento', afirmó el director gerente del hospital, Jorge Gómez Zamora.

Seis de los pacientes han recibido terminales móviles 3G para poder realizar la hemodiálisis y diálisis peritoneal en sus domicilios siguiendo las instrucciones de sus médicos.

Fuente: CincoDias.com

Jornadas de Investigacion en Aragon

2006-09-29T19:32:00.000+02:00

Hola a todos. Me acaba de llegar este mail de la asociación ABIJIA. Os lo pongo.

Buenos días:

Para los días 23 a 26 de octubre hemos organizado unas jornadas dedicadas al personal investigador en formación, estudiantes de los últimos cursos, bueno, a toda la comunidad universitaria en general, que hemos titulado "Semana Naranja de la Investigación en Aragón".

El objetivo de esta Semana Naranja es servir sobre todo como fuente de información sobre todo lo relacionado con la investigación y la figura del "becario".
A través de mesas redondas y talleres intentaremos que a todos nos quede más claro qué tenemos que hacer con la declaración de la renta, o qué podemos hacer después de terminar la tesis, o cómo pedir una beca para hacerla, o qué va a pasar con el nuevo sistema de doctorado...

Cualquier sugerencia que queráis plantear, o temas que queráis que se hablen en la Semana Naranja, podéis escribirnos a becarios@unizar.es

La asistencia y participación es totalmente libre.

En los próximos días seguiremos informándoos de los contenidos de la Semana Naranja y las actividades que hemos organizado.

Un saludo,

Iñaki Delso
ABIJIA

------------------------------

--------------------------------------------
Asociación de Becarios de Investigación y Jóvenes Investigadores de Aragón
ABIJIA
http://www.unizar.es/becarios

Federación de Jóvenes Investigadores FJI-Precarios
http://www.precarios.org

VII Annual Spanish Bioinformatics Conference

2006-09-23T10:12:00.000+02:00

Hola a todos. Después de mucho tiempo si escribir en el blog -os pido disculpas por mi tardanza- os voy a hablar de VII Jornadas de Bioinformática que se van a celebrar en mi ciudad, Zaragoza, el mes próximo. Ya se hizo referencia en el blog de José María Fernández (http://weblogs.madrimasd.org/bioinformatica/archive/2006/09/12/40942.aspx).

Se van a celebrar las VII Jornadas de Bioinformática los próximos días 20, 21 y 22 de Noviembre. Os dejo parte del pdf que me han enviado desde el BIFI.

Scope
The aim of the VII Annual Spanish Bioinformatics Conference (JdB'06) is to provide a forum to present and discuss recent research developments in the broad field of Bioinformatics. The conference is co-organized by the Spanish Bioinformatics Network (RNB) and the Institute for Biocomputation and Physics of Complex Systems (BIFI) at the University of Zaragoza (Zaragoza, Spain).

The Program Committee seeks contributions (poster and oral) in the following areas:
Structural Bioinformatics
Comparative Genomics and Evolution
Systems Biology
Algorithms and Databases

Important dates
10th October 2006 Abstract submission deadline
15th October 2006 Notification of acceptance
15th November 2006 Registration deadline
Communications are in English. Both oral and poster presentations are accepted.

Os dejo la página web donde se habla más sobre las jornadas.

http://ub.cbm.uam.es/jdb06/

Espero ir a las jornadas y comentar todo lo que suceda en ellas.

Un saludo a todos.

API para acceder a NCBI

2006-08-15T11:24:00.000+02:00

Hola a todos. Ya sé que hace mucho que no escribo en el blog pero es que las vacaciones son para descansar y desconectar.

Cuando regresé de vacaciones encontré el siguiente mail en mi correo: Hola, me llamo Alberto. Y soy alumno de una universidad de informática y te escribo para saber si sabes si existe una API para acceder a las bases de datos de NCBI: http://www.ncbi.nih.gov/Database/datamodel/index.html

Es que tengo que hacer un proyecto relacionado con bioinformática y para empezar me han encargado buscar una API o Interfaz para acceder usando C, C++ o Java a dichas bases de datos. Preferiblemente sería que fuese para
Java, pero da igual.

Muchas gracias por atenderme y responde pronto, por favor..

Me puse a buscar y encontré lo siguiente. Cierto es que todavía no me ha dado tiempo de probarlo y Alberto aún no me ha contestado.

En C++ --> LO QUE MÁS.

Incluso NCBI sacó un toolkit para desarrolar aplicaciones que accediesen a sus bases de datos.

http://www.biolinux.org/ncbi.html
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=toolkit.chapter.ch_intro

JAVA

He encontrado una API creada por el Centre de Bioinformatique de Bourdeux.

http://cbi.labri.fr/outils/BlastSets/web-services/download/java/
http://cbi.labri.fr/outils/BlastSets/web-services/Java-API/

Si alguien conoce alguna otra API estaría contentísimo de que me lo comentase y así conocerla.

Un saludo a todos.

Científicos de la UMA descubren que el ADN puede conducir electricidad

2006-08-05T20:10:00.000+02:00

Hola a todos. Acabo de regresar de vacaciones y aunque no tenía pensado escribir tan rápidamente en el blog (mi idea era empezar a escribir el lunes) acabo de leer la siguiente noticia y me ha parecido interesante: Científicos de la UMA descubren que el ADN puede conducir electricidad. La noticia la he extraído del diario de Cádiz.

Investigadores de la Universidad de Málaga (UMA), pertenecientes al Departamento de Física Aplicada II, han descubierto que las propiedades conductoras de la cadena de ADN dependen de la disposición de sus nucleótidos. La conducción eléctrica es un procedimiento que el ADN natural emplea para reparar posibles mutaciones. Estudio de la conducción eléctrica y del transporte de ondas mecánicas en el ADN. Efectos de las correlaciones de largo alcance es el proyecto que, dirigido por el investigador Pedro J. Carpena Sánchez, ha obtenido estos resultados.

El ADN está formado por cuatro nucleótidos que se combinan en pares: C y G, y A y T. "La ordenación de los cuatro para formar la secuencia no es aleatoria, y cuanto más diferente sea la aleatoriedad, más capacidad de conducir la corriente eléctrica", señala Carpena Sánchez.

Las radiaciones ultravioletas pueden producir mutaciones en el ADN y éstas alterar los nucleótidos de los que se compone el genoma. Las modificaciones que provocan son las que, en ocasiones, originan enfermedades como el cáncer de piel. A veces, estos cambios pueden ser reparados por una enzima que se sitúa en la cadena de ADN a una cierta distancia del lugar de la mutación, y que es capaz de arreglarla mediante el envío de un electrón que compense el cambio y devuelva la normalidad al ADN. Para que el electrón viaje es necesario que la cadena sea conductora de electricidad, pero el nivel de conductividad depende de la disposición de los nucleótidos que forman la cadena, según Carpena Sánchez.

Cuando los nucleótidos están colocados de forma periódica o repetitiva la electricidad se transporta mejor. Por ello, contrastados todos los datos, el proyecto ha tenido como objetivo fundamental estudiar cómo se conduce la electricidad dependiendo de la posición de los nucleótidos en el ADN.

En lo que respecta a la aplicabilidad de la investigación, este hallazgo es muy útil en el campo de la nanotecnología, ya que se podrían fabricar nanocables de ADN. "Reproducir en serie la parte de la cadena de ADN que conduzca mejor la electricidad es fácil", ha afirmado Pedro J. Carpena, "ya que del ADN sabe copiarse a sí mismo muy bien".

No olvidéis visitar el diario de Cádiz.

Un saludo a todos.

Portal Hispano de Bioinformática -Estado del proyecto-

2006-07-21T17:48:00.000+02:00

Poco a poco el portal ya va teniendo forma. Ya tenemos un servidor propio donde alojar nuestro portal y esperamos en las próximas semanas, como mucho un par de meses, que el portal ya esté operativo para el público en general.

En el portal queremos crear una sección que tenga como finalidad la realización de proyectos de software libre orientados a la bioinformática. Por ello, os emplazo a que nos ayudéis comentando cuales son vuestras necesidades, que software creéis que os falta o uno que exista pero que creáis que se puede mejorar.

Esperamos vuestras opiniones.

Un saludo

Jesús Armand

Genética y Gestión de colonias. Animales de Experimentación.

2006-07-21T17:38:00.000+02:00

Acabo de recibir un mail sobre un curso de Genética y gestión de colonias organizado por el CNB (Centro Nacional de Biotecnología). El curso se celebra en las fechas 18-19-20 y 21 de Septiembre de 2006, constará de 32 horas repartidas entre mañana y tarde u el precio del módulo es de 350 €.

Os pongo aquí el temario del curso y el enlace de la hoja de inscripción.

Introducción a la Genética

Responsable del Curso: José Manuel Sánchez-Morgado

Introducción a la genética de los animales de laboratorio

• ¿Por qué ratones, ranas y peces?
• Biología de Zebrafish
• Biología de Xenopus spp.
• Biología de la Rata y el Ratón
• Introducción al genoma mamífero
• Tipos de Roedores

a. Tipos de cruces
b. Animales no consanguíneos
c. Uniformidad genética: animales isogénicos I
d. Uniformidad genética: animales isogénicos II
e. Animales modificados genéticamente
f. Nomenclatura: casos prácticos

Estabilidad y control genético

• Causas de variación genética: fenotípica y genotípica
• Control y monitorización genética
• Casos prácticos

Gestión de colonias

Responsable del Curso: Ernesto de la Cueva

Instalaciones y alojamiento de roedores

• Estabulación de ratones: requerimientos físicos, medioambientales y
sociales.
• Concepto de barrera: biocontencion vs. bioexclusion.
• Niveles de bioseguridad animal.
• Percepción sensorial y enriquecimiento ambiental.

Control del status sanitario de la colonia

• Status sanitario.
• Diseño de un programa de control sanitario.
• Muestreo para el control sanitario.
• Cuarentenas.
• Influencia del status sanitario en la reproducción y en los
resultados experimentales.

Biología de la reproducción

• Aparato reproductor masculino.
• Aparato reproductor femenino.
• El ciclo estral.
• Fecundación, desarrollo embrionario y parto.
• Influencia del entorno en la reproducción.

Manejo de una colonia de ratones

• Diseño de la producción: mantenimiento de estirpes,
expansión de núcleos de fundadores, requerimientos
experimentales, selección de reproductores, etc.
• Estrategias de cría y sistemas de cruce.
• Métodos de identificación.
• Métodos de eutanasia.
• Nutrición: principios básicos (agua y dietas).

Gestión de colonias

• Gestión de la colonia.
• Obtención de ratones de fuentes comerciales y no
comerciales.
• Necesidades de mantenimiento de registros.
• Diseño conceptual de bases de datos.
• Software de gestión de colonias.
• Información en internet.

Hoja de inscripción.

Perdón por el retraso

2006-07-21T17:34:00.000+02:00

Antes de nada quiero pedir disculpas ya que desde el 7 de julio no he escrito nada en el blog. La falta de tiempo y la gran cantidad de trabajo han imposibilitado que escribiera más a menudo en el blog. Cosas reseñables a comentar, acabo de montar un servidor propio y ya está en él alojado el portal que, desde hace ya unos meses, estamos desarrollando sobre bioinformática.

Ahora mismo estamos desarrollando el portal y esperamos a no muy tardar (como máximo después del verano) inaugurar el portal.

Si alguien quiere participar en el puede solicitar el alta en el grupo que tenemos para tratar el desarrollo del portal (enlace en el área de links).

Un saludo a todos.

Jesús Armand

Análisis de datos de microarrays: Nomenclatura y clasificación

2006-07-07T18:14:00.000+02:00

La diversidad en el desarrollo de técnicas de inmovilización de diferentes muestras ha permitido que hoy en día se pueda inmovilizar casi cualquier tipo de muestra biológica, lo que ha conducido a una primera clasificación de estos dispositivos de forma clara, rápida e intuitiva:

• GeneChips es un nombre comercial de Affymetrix que se aplica a los chips que llevan inmovilizadas sobre su superficie cadenas cortas de oligonucleótidos de entre 20 y 80 nucleótidos. Puede emplearse métodos de síntesis in situ de los oligonucleótidos o métodos de deposición.
• cDNA Arrays, chips en los que se inmovilizan cDNA´s, por lo general, sintetizados previamente y depositados sobre la superficie para su inmovilización.
• Protein Chips inmovilizan sobre la superficie proteínas diversas, también conocidos como Tissue Chips. Sobre la superficie de estos chips lo que se inmovilizan son pequeñas muestras de tejido para permitir el posterior análisis en paralelo de varias muestras, o la realización de diferentes ensayos sobre una misma muestra.

La clasificación en función del diseño, permite distinguir entre dos enfoques claramente diferenciados, uno comercial y otro más personalizado:

• Biochips “Comerciales”. Son aquellas soluciones en las que se adquieren los chips con el material inmovilizado y listos para su empleo. El diseño de los elementos del chip es realizado por la empresa. Para permitir la rentabilidad de su fabricación masiva, las empresas inmovilizan conjuntos de material biológico que no siempre es de utilidad, encareciendo la posibilidad de personalizar su diseño por parte del comprador. Su principal ventaja es que se adquieren listos
para su empleo. El más claro ejemplo de este tipo de aproximación es la seguida por la empresa Affymetrix.
• Biochips “Personalizados” o Home Made. Son una segunda solución para la tecnología de biochips fundamentada en el diseño y fabricación por parte de los laboratorios de investigación de sus propios chips, mediante unos dispositivos denominados “Arrayers”. Los arrayers son generalmente robots capaces de depositar cantidades microscópicas de material biológico sobre la superficie del chip. Dentro de esta categoría se puede hacer una subdivisión en función del tipo
de arrayer empleado, distinguiéndose la corriente de la Universidad de Stanford y P. Brown, que aboga por la fabricación por parte de los grupos de sus propios robots, y otra corriente liderada por las empresas dedicadas a la fabricación de robots comerciales para la fabricación de los chips.

La forma de fabricación es también un criterio importante en la clasificación de los biochips, debido a las grandes diferencias de concepto existentes en este campo. Los dos principales criterios para la clasificación se fundamentan en: (i) el tamaño de los puntos que constituyen la matriz y (ii) el lugar en el que se sintetiza u obtienen las sustancias biológicas que van a ser inmovilizadas (sondas). La clasificación en función de este criterio es la siguiente:

• Micromatrices: este es un concepto íntimamente ligado a los biochips, el término micromatriz de material biológico es equivalente al de Biochip.
• In situ: se refiere a los chips en los que se hacen crecer las cadenas, no muy largas y en general de ADN o PNA, sobre la superficie del chip.
• Macromatrices: no están incluidas dentro de los biochips debido al gran tamañob de los puntos. Son matrices de baja densidad de integración. Por lo general se han desarrollado sobre superficies porosas.
• Deposición: con este término se hace referencia a la forma de fabricar chips en los que el material inmovilizado ha sido previamente sintetizado.

El soporte y el tipo de unión están íntimamente relacionados, ya que la metodología de la inmovilización y el tipo de inmovilización que se origina dependerá del soporte sobre el cual se vayan a realizar los ensayos. Dentro de este apartado se pueden distinguir tres grandes rasgos diferenciales:

• Chips glass-based: son chips en los que el material se encuentra covalentemente inmovilizado a la superficie sólida que le sirve de soporte y que puede ser cristal o cualquier otra superficie como silicio, plástico u oro.
• Chips electronic-based: son chips construidos sobre electrodos en los que se llevan a cabo las reacciones. En este caso la inmovilización se produce mediante interacciones electrostáticas entre las moléculas a inmovilizar y los electrodos que constituyen el soporte.
• Chips gel-based: son chips en los que las interacciones entre el material a inmovilizar y el soporte sólido de inmovilización no tiene carácter covalente. Los soportes más comúnmente empleados son pequeñas porciones de geles, o membranas porosas de nylon o nitrocelulosa presentes sobre portaobjetos de cristal.

Análisis de datos con microarrays

2006-06-17T10:59:00.000+02:00

En un principio y en términos generales podemos considerar que existen dos grandes opciones o ramas de estudio.

- Métodos no supervisados: Se basan en asumir que no conocemos ningún tipo de información previa sobre los datos a analizar y dejar que ordenador y algoritmos se encargues de bucear en esa información y de encontrar algún tipo de relación o relaciones entre esos datos.
A su vez se dividen en 2 grupos

a) Jerárquico: El clustering jerárquico aglomeratico es un método determinista basado en una matriz de distancias. Establece pequeños grupos de genes/condiciones que tienen un patrón de expresión común y posteriormente construye un dendograma (representación grafica de un
grupo de relaciones basadas en la cercanía o similitud entre los datos) de forma secuencial. El árbol o dendograma, establece una relación ordenada de los grupos previamente definidos y la longitud de sus ramas es una representación de la distancia entre los distintos nodos del mismo.
En el desarrollo del clustering jerárquico se han utilizado diferentes algoritmos (UPGMA, Ward, etc.) aunque todos siguen la misma estrategia en general: separan cada gen en un nodo diferente, calculan la distancia entre los dos genes mas próximos y los juntan en un cluster.
Entonces se vuelve a calcular la matriz de distancias sustituyendo los dos patrones que se han unido por el promedio de ambos. En cada paso, los algoritmos son capaces de juntar los genes no solo de dos en dos sino muchos mas a la vez. Muchos de ellos simplemente se diferencian en la
forma en la que calculan la distancia del nuevo cluster formado al resto de los elementos de la matriz, y en este sentido, la aproximación del “Average linkage” (algoritmo que opera agrupando iterativamente los genes o clusters que presentan la distancia media mas pequeña en cada paso sucesivo del calculo de la matriz de distancias) es la mas utilizada. Por otro lado existe el clustering jerárquico divisivo que es similar al anterior pero agrupa los genes de forma inversa. Mientras que el clustering aglomerativo separa inicialmente todos los genes y posteriormente los va agrupando para construir clusters mas grandes, el clustering divisivo agrupa inicialmente todos los genes en un único cluster y sucesivamente los va separando hasta que cada uno se encuentre aislado como una entidad. Es decir, el método divisivo va identificando aquellos genes con un patrón mas diferente para separarlos en el espacio lo mas posible. Este es el caso de SOTA (Self-Organizing Tree Algorithm). A pesar de que no esta exento de problemas, el clustering es una herramienta poderosa para la reducción de los datos obtenido de micorarrays y para el estudio de posibles hipótesis que relacionan los clusters de genes obtenidos con el fenotipo. Sin embargo, este tipo de relaciones deben ser formalmente validadas por otros experimentos adicionales.

b) No jerárquico: En este caso los algoritmos comienzan a calcular la matriz de distancias a partir de un numero predefinido de clusters y van recolocando de forma iterativa los genes en los diferentes grupos hasta minimizar la dispersión interna de cada cluster. Los dos algoritmos mas
representativos de este tipo de clustering son: K-Medias: es un algoritmo que comienza con una muestra de “k” genes elegidos al azar de la matriz original de datos. Cada uno de ellos se utiliza como el centroide inicial de los “k” clusters que se vana a formar. La matriz de distancias se calcula desde dicho centroide hasta cada uno de los genes de la matriz de datos y cada uno de ellos será asignado de esta forma al centroide más cercano. Entonces la matriz de distancias se
recalcula reemplazando cada centroide por la media de los genes asignados a el y el algoritmo repite entonces el proceso anterior. El mapa de clusters que ofrece este algoritmo carece de topología. SOM: los mapas auto-organizados (Self-Organising Maps) son redes neuronales. El algoritmo permite, de forma iterativa, que los patrones mas parecidos se vayan juntando entre si y alejándose de aquellos otros que son mas diferentes. Este tipo de algoritmos son mas fiables y robustos puesto que se basan en redes neuronales que por definición son capaces de trabajar con grandes cantidades de datos con ruido. Sin embargo, no carece de ciertos inconvenientes. SOM es una herramienta particularmente útil en el tratamiento de datos procedentes de series
temporales.

- Métodos supervisados: En este caso si que se asume cierto tipo de información previa, sabemos con cierta exactitud lo que tenemos y ahora lo que nos interesa encontrar es que marca la diferencia entre nuestros grupos, así como la posibilidad de que con esas diferencias o patrones podamos clasificar nuevas muestras que puedan llegar a nuestras manos.

Un ejemplo de microarray: el HGU133a de Affymetrix

2006-06-14T19:43:00.000+02:00

El GeneChip Human Genome U133A está formado por 22.283 “probe set” humanas, las cuales representan las secuencias de unos 13.000 genes. Cada “probe set” está formado por una serie de “probe pairs” (entre 11 y 20) (figura). Un “probe pair” está compuesto por el “Perfect Match” (PM) y el “Mismatch” (MM) complementarios (figura). El PM lo forman 25 oligonucleótidos diseñados para ser perfectamente complementarios con una secuencia del ARNc que va a ser hibridado. El MM son 25 oligonucleótidos diseñados para ser complementarios con una secuencia de ARNc excepto en una base que ha sido cambiada y que ocupa la posición central (posición 13). MM sirve como control específico de la hibridación cuando se compara con el correspondiente PM (la señal de hibridación del MM debería de ser siempre menor que la del PM). Cada PM o MM forman lo que se denomina “probe cell” (figura) que está compuesta por miles de copias de una determinada secuencia. Los diferentes “probe pairs” que forman un “probe set” están repartidos por el array para evitar problemas a la hora de la hibridación, por ejemplo, para que si hubiera una burbuja en una zona del chip, no afecte a todo el “probe set”.

Ilustración: Imagen de un “probe set”.

Microarrays, Aplicaciones de los biochip y Microarrays en la práctica clínica

2006-06-13T09:17:00.000+02:00

Como ya os dije en la anterior entrada, vamos a conocer mejor los microarrays. Hoy hablaremos de sus aplicaciones y en su papel en la práctica clínica.

Aplicaciones de los biochip.

A pesar de ser una tecnología muy reciente y que, por lo tanto, está aún en vías de experimentación, actualmente los biochips están siendo aplicados en:

1. Monitorización de expresión génica: permite determinar cual es el patrón de expresión génica y cuantificar el nivel de expresión de manera simultánea para un elevado número de genes. Esto permite realizar estudios comparativos de activación de determinados genes en tejidos sanos y enfermos y determinar así la función de los mismos.

2. Detección de mutaciones y polimorfismos: Permite el estudio de todos los posibles polimorfismos y la detección de mutaciones en genes complejos.

3. Secuenciación: Mientras que se han diseñando algunos biochips para secuenciación de fragmentos cortos de ADN, no existe aún en el mercado ningún biochip que permita secuenciar de novo secuencias largas de ADN.

4. Diagnóstico clínico y detección de microorganismos: Posibilitan la identificación rápida empleando unos marcadores genéticos de los patógenos.

5. Screening y toxicología de fármacos: el empleo de los biochips permite el analizar los cambios de expresión génica que se dan durante la administración de un fármaco de forma rápida, así como la localización de nuevas posibles dianas terapéuticas y los efectos toxicológicos asociados.

6. Seguimiento de terapia: los biochips permiten valorar rasgos genéticos que pueden tener incidencia en la respuesta a una terapia.

Microarrays en la práctica clínica.

En los últimos años, la aplicación de las tecnologías basadas en biochips ha permitido realizar grandes avances que también se han visto reflejados en el ámbito clínico. Cabe destacar el campo de la farmacología clínica en la que se ha permitido el desarrollo de nuevos fármacos, comprender los mecanismos de acción moleculares de varios fármacos en determinadas enfermedades y estudiar mas profundamente el metabolismo y los transportadores celulares. Así, la farmacogenomica (estudio, mediante técnicas de alto rendimiento de la biología molecular como son los biochips, de los genes relevantes en las terapias farmacológicas) ha permitido describir miles de moléculas nuevas. Esta estrategia ha desembocado en la síntesis, evaluación y comercialización de fármacos específicos contra determinadas dianas moleculares como por ejemplo Glivec (STI571), especifico contra la proteína tumorigenica BCR-ABL implicada en leucemias mieloides crónicas o el SU5416, molécula antiangiogenica que inhibe específicamente el receptor tirosin kinasa del VEGF. Del mismo modo, la farmacogenética, estudio de las diferencias en la respuesta individual a los fármacos, ha identificado múltiples SNPs asociados a una mayor o menor respuesta frente a un determinado medicamento. Este es el ejemplo del SNP localizado en el gen del receptor
B2-adrenergico que implica una ausencia de respuesta al salbutamol entre otros. La farmacogenetica también estudia los polimorfismos que afectan al metabolismo de los fármacos y se han conseguido identificar los genotipos de metabolizadores ultrarrápidos, rápidos y lentos que están asociados a SNPs detectados en los genes del citocromo P450.

En el campo de la oncología , los biochips se han estado empleando con diferentes aplicaciones entre las que cabe destacar:

- Screening de moléculas potencialmente importantes tales como biomarcadores de la actividad quimioterapia así como nuevos marcadores tanto pronósticos como predictivos..
- Clasificación de pacientes con diferentes subtipos de cáncer.
- Herramienta de estudio o identificación de rutas moleculares implicadas en la patogénesis de cada tipo de cáncer.

La microbiología clínica cuenta con los nuevos métodos basados en biochips que permiten la identificación microbiana en función de la detección de un factor relativamente estable como es el genoma de los microorganismos. En general, las principales aplicaciones de los microarrays de ADN en este campo son:

- Detección de genes específicos o regiones del genoma de un microorganismo.
- Detección de mutaciones puntuales en ciertos genes.
- Análisis de la expresión de ARNm.

Microarrays, Introducción y Técnicas de Reparación

2006-06-10T23:09:00.000+02:00

Un saludo a todos. Estaba mirando unos apuntes que tenía por encima del escritorio sobre avances en bioinformática y estaba con el tema relacionado con los microarrays. Se me ha ocurrido hacer un resumen sobre los mismos para acercaros más sobre el tema de los Microarrays. Por ello, tengo pensado cada x días escribir una nueva entrada al respecto. Hoy empezaremos con la Introducción y Técnicas de reparación. El próximo día hablaremos de la Aplicación de los biochips, Microarrays en la práctica y Ventajas e Inconvenientes. Espero, si alguien tiene información al respecto, que participe en esta iniciativa que se me ha ocurrido.

Empecemos!

Introducción.

Un microarray o biochip es una colección (Arrays) de pequeños fragmentos de genes unidos a la superficie de pequeños cristales (micro), o dicho con otras palabras, es un dispositivo de pequeño tamaño (chip) que tiene inmovilizado material biológico (bio), que permite la automatización simultánea de miles de ensayos encaminados a conocer en profundidad la estructura y funcionamiento de nuestra dotación genética. En ellos se integran decenas de miles de fragmentos de material genético, de secuencia conocida y de diferente tamaño, ordenados sobre un sustrato sólido, de manera que forman una matriz de secuencias en dos dimensiones. Si las secuencias son cortas, se denominan microarrays de oligonucleótidos, si tienen mayor tamaño, chips de ADNc (ADN complementario, sintetizado a partir de ARNm). A los fragmentos inmovilizados en el soporte, se les denomina sondas (“probes”). Los ácidos nucleicos de las muestras a analizar se pueden marcan por diversos métodos (enzimáticos, fluorescentes, etc.),
incubándose posteriormente sobre la matriz de sondas, produciéndose una hibridación entre las secuencias homólogas, es decir, sólo las cadenas complementarias a las del chip se hibridan. Después de la hibridación entre las secuencias del microarray y la muestra marcada con fluorescencia, los chips son leídos en un escáner, originándose un patrón de luz característico y una cuantificación de la intensidad de hibridación de cada punto, los datos obtenidos son interpretados mediante un ordenador. Esto permite una identificación y cuantificación del ADN o ARN presente en la muestra, así como conocer la estructura y función de la dotación genética, tanto en los diferentes estados de desarrollo normal como patogénicos del paciente.

Técnicas de Reparación.

Diseño del biochip: durante este proceso se produce la selección del tipo y cantidad de material biológico que se va a inmovilizar sobre la superficie, que variará en función del tipo de experimento que se desee llevar a cabo. Se determina también la densidad de integración, es decir el número de sondas que se desean inmovilizar sobre la superficie del chip, que se verá limitada por el método de fabricación que se desee emplear. Se seleccionan los estándares internos para el tipo de ensayo. Todas estas selecciones deben ser realizadas por el investigador en el caso de que se vaya a emplear un biochip “personalizado”.

Fabricación: este paso esté muy diversificado como consecuencia de la gran cantidad de soluciones tecnológicas presentes en el mercado. Este paso determina la densidad de integración que se puede lograr en un chip.

Preparación de la muestra: en este paso están incluidos todos los procesos que debe sufrir la muestra para ser empleada en este tipo de ensayos. Los procesos a seguir son la extracción y purificación del material a analizar (ADN, ARN o proteínas), un proceso de amplificación en el caso de tratarse de material genético y por último el marcaje de la muestra para permitir su
detección en el proceso de revelado.

Hibridación y lavado: a partir de este paso el procedimiento de trabajo es prácticamente igual para los chips comerciales y para los personalizados, con algunas diferencias debidas a las diferentes soluciones tecnológicas empleadas. Resulta un paso clave ya que en él se produce la reacción de afinidad en la que se hibridan las hebras de ADN de la muestra marcadas
para permitir su posterior identificación, con sus complementarias inmovilizadas en la superficie del chip. Según las condiciones en las que se produzca esta reacción de afinidad se obtendrán mejores o peores resultados posteriormente en el proceso de revelado. El lavado se realiza para eliminar las interacciones inespecíficas que se dan entre la muestra y el material inmovilizado o la superficie del biochip.

Revelado: es un proceso que viene condicionado por la gran variedad de alternativas tecnológicas diseñadas para esta función. Entre estas soluciones las más comunes son la utilización de escáneres láser y cámaras CCD para la detección de marcadores fluorescentes con los que se ha marcado la muestra. Otra solución algo más económica es la utilización de isótopos radiactivos para el marcaje de los blancos y su posterior detección.

Almacenamiento de resultados: tras el revelado al que se someten los biochips se debe proceder al almacenamiento de los datos obtenidos.

Análisis de resultados: etapa final de todo experimento con la tecnología basada en biochips. A este paso llegan los datos procedentes del revelado y se presentan en forma numérica o en forma de una imagen de 16 bits en la cual se pueden apreciar los puntos en los que la reacción de hibridación ha sido positiva y los puntos en los que no ha habido tal hibridación. Es en este punto en el que se aplican una mayor cantidad de elementos de software bioinformático destinados a la extracción de conocimiento del experimento realizado.

GROMACS

2006-06-01T20:37:00.000+02:00

GROMACS es un programa de simulación de dinámica molecular que utiliza las ecuaciones Newtonianas del movimiento para sistemas de centenares a millones de partículas. Se distribuye de forma gratuita bajo una GNU General Public License.

Descripción

GROMACS fue especialmente diseñado para realizar simulaciones de moléculas bioquímicas, como las proteínas y los lípidos, con un gran número de interacciones. Dada su gran rapidez, también se utiliza para realizar simulaciones de moléculas no biológicas como los polímeros.
GROMACS soporta los algoritmos comunes que cualquiera espera encontrar en una ejecución de dinámica molecular moderna. Pero además incorpora otras funcionalidades:

Todos los programas utilizan una interfaz sencilla con opciones de la línea deinstrucciones para los ficheros de entrada y de salida. También tiene integrada una interfaz gráfica de usuario disponible para todos los programas.
Mientras se ejecuta la simulación, GROMACS informa continuamente hasta donde ha llegado, y qué día y a qué hora prevé que finalice. Tanto los ficheros de entrada como las trayectorias pueden ser leídos por cualquier versión de GROMACS, incluso si fue compilado utilizando una precisión diferente de coma flotante.

GROMACS contiene una gran selección de herramientas flexibles para el análisis de trayectorias.
Incluye un visualizador básico de trayectorias. Además diversas herramientas externas de visualización pueden leer los formatos de los ficheros GROMACS.
El paquete incluye un constructor topológico de proteínas totalmente automatizado, incluso para estructuras multiméricas.

Sí queréis echar un vistazo a...
documentación
Tutorial
Intrucciones de Instalación

También en esta dirección encontraréis el programa para descargarlo.
http://www.gromacs.org/gromacs/downloads/download/upload.html

simulación de la dinámica molecular en grandes sistemas biomoleculares

2006-05-24T16:20:00.000+02:00

Navengando por Internet he encontrado una página sobre Inteligencia Artificial y entre sus artículos he encontrado este que me ha parecido interesante. Cito textualmente:

El STMV es un virus de las plantas en forma de icosaedro que empeora los síntomas de la infección del mosaico del tabaco. Los virus satélite son una de las unidades de reproducción más pequeñas que pueden encontrarse en la naturaleza, utilizan tanto la célula en la que se reproducen como el virus del que dependen para su reproducción. Las universidades de California (Irvine) e Illinois (Urbana-Champaign) están simulando la dinámica de todos los átomos de este virus y una pequeña gota de agua que lo contiene. Esta simulación se está realizando mediante el programa NAMD, especificamente diseñado para la simulación de la dinámica molecular en grandes sistemas biomoleculares. Se trataría de la primera simulación de una forma de vida completa.

Para saber más os dejo los siguientes enlaces.

Supercomputer Performs Simulation of Virus

Theorical and Computational Biophysics Group (NAMD)

Satellite Tobacco Mosaic Virus

Xbox 360, PlayStation 3 Distributed Computing

2006-05-23T16:34:00.000+02:00

Desde hace unas semanas me estoy "preocupando" por las nuevas video consolas que van a salir al mercado. Buscando información de las mismas he encontrado muchos artículos hablando de la posibilidad que ofrecerían las video consolas XBox 360 y PS3 para incluir BOINC.

Para los que no lo conocen, "Boinc" (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing) es una plataforma, lo que quiere decir que en si mismo no realiza ningún cálculo, sino que bajo BOINC pueden funcionar varios programas que són los que realizarán los cálculos. Conscientes de que a muchos usuarios les gustaría participar en más de un proyecto, la Universidad de Berkeley, California, pensó que sería una buena diea desarrollar un sistema bajo el que dos, o más, proyectos pudieran compartir un PC y repartirse el tiempo de proceso disponible. Además esto permitiría que si en alguna ocasión un proyecto no tiene suficientes datos para enviar a los usuarios, estos puedan seguir procesando otros proyectos sin necesidad de que el usuario hiciera nada. Todo automático. Y así nació BOINC.

Será interesante comprobar si al final la posibilidad de que las video consolas de Sony y de Microsoft toman alguna medida para incorporar este software en sus videoconsolas.

Más información sobre BOINC

Paradoja de San Petersburgo Folding@home group

Científicos internacionales completan la secuencia del cromosoma 1, asociado a 350 enfermedades

2006-05-18T10:06:00.000+02:00

Un equipo internacional de científicos ha completado la secuencia del cromosoma 1, el mayor de todos y asociado a unas 350 enfermedades, según los responsables de la investigación.

La secuencia completa de ese cromosoma, que contiene el ocho por ciento de toda la información genética humana y 3.141 genes, fue publicada este miércoles en el último número de la revista científica británica "Nature".

Este logro es el último capítulo del genoma humano, según los científicos que han participado en la investigación, al frente de la cual figuran el Instituto Wellcome Trust Sanger en Hinxton, en Cambridgeshire (sureste de Inglaterra), y la Universidad Duke en Durham, en New Carolina (EEUU).
Historias fascinantes

Unas 350 enfermedades están relacionadas con modificaciones del cromosoma 1, entre ellas varios tipos de cáncer y problemas neurológicos, como el mal de Alzheimer o la enfermedad de Parkinson, indicaron los investigadores.

De hecho, la secuencia completa publicada ha sido utilizada ya para identificar más de un millar de nuevos genes y los científicos esperan que contribuya a hallar nuevos tratamientos y diagnósticos de enfermedades. "La publicación de la secuencia del último y mayor cromosoma humano completa la historia del genoma humano", explica Simon Gregory, a cargo del proyecto en el Instituto Wellcome Trust Sanger. "El cromosoma 1 contiene historias fascinantes de la biología de los cromosomas, de nuestra evolución y nuestra salud", añadió.

Cada cromosoma humano está compuesto por una molécula de DNA en forma de una doble hélice e integrada por millones de bases químicas representadas por las letras A, C, T y G. En concreto, el Cromosoma 1 contiene 223.569.464 bases del código genético, que, en caso de ser tratadas mecanográficamente, ocuparían 60.000 páginas.

El equipo de investigación, formado por unos 150 científicos británicos y estadounidenses, ha tardado diez años en completar el estudio.

Red Iberoamericana de Bioinformática

2006-05-13T15:53:00.000+02:00

Hola a todos. Navegando he llegado a la Red Iberoamericana de Bioinformática. Os pongo la definición que dan sus creadores sobre la Red:

"la Red posee cuatro líneas de acción prioritarias: Capacitación, Apoyo a la Investigación, Servicios y Cooperación con Otras Redes. Estas líneas de acción prioritarias tienen como objetivos específicos la búsqueda de un desarrollo más equilibrado a través de la capacitación científica de grupos emergentes, el desarrollo de una investigación en Bioinformática de alta calidad, la incorporación de nuevos científicos, la compartición y racionalización de recursos disponibles, el establecimiento de líneas de investigación conjunta y la colaboración con otras instituciones"

Además disponen de un portal iberoamericano de bioinformática. En los próximos días les escribiré para comentarles que nosotros también tenemos en mente crear un portal y que estaría bien que nos informaran un poco y nos guiaran de los pasos que tendríamos que realizar.

Os recomiendo que visitéis los enlaces.

Un saludo a todos

Artículo en el periódico de ciencias de la Universidad de Zaragoza

2006-05-10T19:48:00.000+02:00

A través de mi nuevo trabajo (becario en el servicio de informática y comunicaciones de la universidad de Zaragoza -SICUZ-) conocí a otro becario que está metido en el periódico de mi facultad. La cosa es que hablando entre café y café le comenté que tenía un blog de bioinformática y le interesó el tema. El es licenciado en químicas y tiene pensado el año que viene cursar bioquímicas.

La cosa está en que me preguntó si estaría interesado en escribir un artículo para el periódico. En él hago una pequeña introducción a la bioinformática y hablo de los blogs españoles que actualmente existen. Además, comento la idea de la creación de un portal en español sobre bioinformática.

Aquí os adjunto el enlace para quien quiera leer el artículo se lo pueda descargar.

Un saludo a todos.

La radiación en Chernobyl vista con Google Earth

2006-05-01T15:26:00.000+02:00

Continúo mis entradas sobre temas relacionados con la aplicación Google Earth. Esta vez es para hablaros de la aportación de Valery Hronusov (Russia's Academy of Science in Perm) que ha posteado una serie de archivos para google earth donde se puede ver la tasa de radiación en Chernobyl.

Para saber más podéis visitar el blog de FrankTaylor.

Aquí tenéis los archivos para Google Earth.

Radiation quantities I - 1st illustration - legend shows amount of radiation
Radiation quantities II - 2nd illustration with rectangular cubes
New containment building - Wire frame model of new building

Un saludo a todos.

Enlaces de interés:
Google Earth Blog
Artículo en Goolge Earth Blog sobre la radiación en Chernobyl

Implante retinal alimentado con energía solar

2006-05-01T15:23:00.000+02:00

A diferencia de otras técnicas actuales, basadas en aplicar pequeñas descargas eléctricas directamente sobre la retina, esta técnica no provoca el calentamiento de las células ni requiere de baterías externas para su alimentación.

La retina, en la parte posterior y a ambos lados del globo ocular, contiene células fotorreceptoras capaces de liberar sustancias químicas señalizadoras (neurotransmisores) en respuesta a luz. Estos neurotransmisores pasan a las células nerviosas situadas encima de los fotorreceptores, desde donde se retransmiten, vía una serie de reacciones eléctricas y químicas, a la parte posterior del cerebro, donde son decodificadas y convertidas en imagenes. En la gente con enfermedades de la retina (como la degeneración macular o la retinitis), los fotorreceptores se dañan y producen, en última instancia, la ceguera.

El año pasado, Laxman Saggere, de la Universidad de Illinois, comenzó a investigar con un implante que sustituiría estos fotorreceptores dañados por un sistema de bombeo de neurotransmisores capaz de responden a la luz. Ahora acaba de conseguirse un componente crucial: un dispositivo alimentado por luz solar, capaz de presionar sobre la retina en respuesta a una iluminación de baja intensidad.

El prototipo consiste en un disco flexible de silicio de sólo 1.5 mm de diámetro y 15 micrómetros de grosor. Cuando la luz incide sobre una célula solar contenida en el disco, ésta produce un voltaje. La célula solar está conectada con una capa de material piezoeléctrico (llamado PZT) capaz de deformarse en respuesta a la corriente, empujando el disco de silicio hacia el fondo.

En el futuro, un depósito con neurotransmisores presionado por esta acción mecánica, pulverizaría sobre la retina produciendo una estimulación similar a la ejercida por los fotoreceptores sanos.

Referencias:

Artículo en New Scientist Tech

Autorizan el primer medicamento biotecnológico

2006-04-21T20:46:00.000+02:00

La Comisión Europea anunció la autorización para vender en los territorios miembros de la unión el primer medicamento genérico producido a partir de biotecnología. El Omnitrop (producido por Sandoz, una filial del grupo suizo Novartis), está destinado a “tratar las perturbaciones del crecimiento y la falta de la hormona del crecimiento en los niños y los adultos”, precisó la Comisión en su comunicado.

“Los estudios demostraron que el Omnitrop era comparable y similar en calidad, seguridad y eficacia a un producto médico de referencia ya autorizado en la UE, la Genotropina”, hormona del crecimiento producida por el laboratorio norteamericano Pfizer, continúa la Comisión.

Al contrario de los genéricos clásicos, que son copias exactas de medicamentos existentes, los “biogenéricos” son generalmente moléculas similares a medicamentos biotecnológicos ya autorizados, según Bruselas.

Los medicamentos biotecnológicos hicieron su aparición en la UE unos veinte años atrás. Las patentes que protegen a varios de ellos están llegando a su expiración en este momento.

BioForge

2006-04-20T15:30:00.000+02:00

BioForge es una comunidad virtual, alrededor de una plataforma de herramientas para permitir que los científicos en localizaciones diversas trabajen juntos. BioForge es parte de la iniciativa BIOS de CAMBIA, que también incluye Patent Lens™.

Lo interesante es que se pueden sugerir proyectos. Comenzar un proyecto es un proceso simple que comienza cuando uno se hace miembro de BioForge y solicitando comenzar un proyecto. La aprobación de todos los nuevos proyectos es condicional conforme a los principios de guía de BioForge , según lo determinado por el coordinador de la comunidad .

Aquí os dejo más sobre BioForge.

Un saludo
-----------------------------------------------------------
Enlaces de interés:
------------------------------------------------------------
BIOFORGE (inglés)
BIOS (inglés)
Patent Lens™ (inglés)
CAMBIA (inglés)

Coral reef watch y Google Earth

2006-04-14T14:41:00.000+02:00

Hola a todos. Continuando con algunas entradas ya publicadas en este blog sobre aplicaciones científicas apoyadas en el software de Google Google Earth hoy voy a hablaros de una iniciativa del NOAA (The National Oceanic & Atmospheric Administration) para dar a conocer la importancia del coral dentro del ecosistema mundial.

Me hago eco de una noticia aparecida en Google Earth Blog gestionado por Frank Taylor (por cierto, quiero felicitarle por contestar a un comentario que hice en su blog a mi correo y en español). En esta noticia se habla de la iniciativa del NOAA que ha creado una página web COAL REEF WATCH. Para explicar mejor su misión que mejor que utilizar sus propias palabras:

" The mission of NOAA's Coral Reef Watch Program is to utilize remote sensing and in-situ tools for near real-time and long term monitoring, modeling and reporting of physical environmental conditions of coral reef ecosystems. Coral Reef Watch aims to assist in the management, study and assessment of impacts of environmental change on coral reef ecosystems."

Os añado las direcciones para poder descargar los archivos para visualizar con Google Earth, la página del NOAA y la del NOAA'S Coral Reef Watch y la del blog de Frank Taylor.

----------------------------------------
----------------------------------------
Enlaces
----------------------------------------
----------------------------------------

NOAA (the national oceanic & atmospheric administration)
NOAA'S Coral Reef Watch
Google Earth Blog
Artículo NOAA'S Coral Reef Watch en Google Earth Blog (Descarga de archivos)

Paradoja de San Petersburgo Folding@home Group

2006-04-11T22:02:00.000+02:00

Hola a todos. Hace unas semanas os hablé de un software similar a SETI@home desarrollado por la universidad de Standford, era Folding@home. Podéis recordar la entrada que creé para saber más sobre este proyecto.

La cosa es que me he decidido a crear un grupo para colaborar en este proyecto. El grupo, como bien indica el título de esta entrada se llama Paradoja de San Petersburgo Folding@home Group. Su ID TEAM es 50050.

He habilitado una página web para el grupo. Espero que alguno de vosotros se anime a unirse en este proyecto.

Un saludo

Jesús Armand Calejero Román

Enlaces:
Paradoja de San Petersburgo Folding@home Group
Folding@home
Folding@home (español)

Bioética

2006-04-07T22:41:00.000+02:00

Hace unos días leí algo sobre bioética y decidí buscar más información ya que no tenía muchos conocimientos sobre esta materia. El término bioética fue utilizado por primera vez por V. R. Potter hace poco más de treinta años (Potter, 1970). Con este término aludía Potter a los problemas que el inaudito desarrollo de la tecnología plantea a un mundo en plena crisis de valores. Urgía así a superar la actual ruptura entre la Ciencia y la Tecnología de una parte y las Humanidades de otra.

La bioética surge como un intento de establecer un puente entre ciencia experimental y humanidades. De ella se espera una formulación de principios que permita afrontar con responsabilidad las posibilidades enormes, impensables años atrás, que hoy nos ofrece la tecnología.

Podemos dividir la bioética en una parte general o fundamental y una parte especial o aplicada. La bioética general se ocupa de los fundamentos éticos, de los valores y principios que deben dirigir el juicio ético y de las fuentes documentales de la bioética (códigos médicos, derecho nacional e internacional, normas deontológicas y otras fuentes que enriquecen e iluminan la discusión, como las biográficas, literarias o religiosas). La bioética especial se ocupa de dilemas específicos, tanto del terreno médico y biomédico como referentes al ámbito político y social: modelos de asistencia sanitaria y distribución de recursos, la relación entre el profesional de la salud y el enfermo, prácticas de medicina prenatal, el aborto, la ingeniería genética, eugenesia, eutanasia, trasplantes, experimentos con seres humanos, etc.

En ocasiones se habla de bioética clínica o toma de decisiones. En ella se examinan dilemas nacidos en el ejercicio asistencial de la medicina, analizándose los valores éticos en juego y los medios concretos disponibles para resolver el conflicto de la mejor manera. Si bien el caso particular presenta matices a considerar y priorizar, la conducta no debería entrar en contradicción con los valores utilizados en la bioética en general.

Recomiendo leer el siguiente artículo titulado Bioética y Biotecnología, escrito por Isabel Viladomiu Olivé.

Si tenéis más información o queréis colaborar añadiendo vuestros comentarios os animo a participar.

Un saludo a todos

Cientificos Belgas implantan chip RFID en un diente humano

2006-04-03T19:30:00.000+02:00

Hoy me hago eco de esta noticia aparecida en The Register. En ella se habla del logro realizado por científicos de la universidad católica de Leuven (http://www.kuleuven.ac.be/) que han conseguido inplantar un dispositivo RFID para demostrar que la información personal puede ser almacenada. Para ello Patrick Thevissen y su equipo adaptaron una etiqueta que los veterinarios implantan ya en animales. Es el dispositivo que se utiliza para localizar la dirección natural del perro si es encontrado.

En el caso de los seres humanos, sin embargo, la intención de la etiqueta identificadora es permitir que los equipos forenses recuperen el nombre, la nacionalidad, la fecha de nacimiento y el género de una persona permitiendo la identificación después,por ejemplo, de un desastre natural.

Ahora, lo que la mayoría de vosotros os preguntaréis es ¿qué son los RFID?

"RFID (siglas de Radio Frequency IDentification, en español Identificación por radiofrecuencia) es un método de almacenamiento y recuperación de datos remoto que usa dispositivos denominados etiquetas o tags RFID. Una etiqueta RFID es un dispositivo pequeño, como una pegatina, que puede ser adherida o incorporada a un producto, animal o persona. Las etiquetas RFID contienen antenas para permitirles recibir y responder a peticiones por radiofrecuencia desde un emisor-receptor RFID. Las etiquetas pasivas no necesitan alimentación eléctrica interna, mientras que las activas sí lo requieren." (extraído de Wikipedia)

Podéis leer el artículo (en inglés) en http://www.theregister.co.uk/2006/03/20/rfid_in_tooth/
Para saber más sobre los dispositivos RFID podéis visitar http://es.wikipedia.org/wiki/RFID

Geneious 0.9e

2006-03-25T20:38:00.000+01:00

Geneious es software que se ha desarrollado para acelerar y para simplificar la investigación en biología y bioquímica moleculares.

Actualmente está a disposición la versión 0'9e del programa. Por lo que he podido leer en Abril aparecerá la primera versión 1.0 estable y terminada de testear.

Si queréis leer la opinión del Dr. Lunter, uno de los expertos europeos en bioinformática podéis leerla aquí

Tiene acceso directo a las bases de datos de NCBI y EBI. Visión gráfica de anotaciones de las secuencias. Su sencillo interface favorece la fácil adaptación al entorno de trabajo. Además, tiene acceso directo para búsquedas en google.

Requisitos:

-El software es multiplataforma, disponible para las plataformas Windows, Mac y Linux.
·Java 1,5.

Aquí dejo un par de capturas de pantalla.

El enlace de descarga y de la página principal: http://www.biomatters.com/default,76,home.sm

Ya tenemos nombre para el portal: "Portal hispano de Bioinformática"

2006-03-21T20:28:00.000+01:00

Hola a todos. Ya puedo dar más noticias de como va el proyecto que hace unos meses se inició con la ayuda de unos cuantos en principio desconocidos pero ahora ya amigos de poner en marcha la creación de un portal sobre bioinformática.

Bien, ya estamos trabajando. Ya tenemos nombre para la criatura Portal Hispano de Bioinformática. Ahora estamos desarrollando ya el portal, se está cimentando sobre Joomla. Además, ahora estamos intentando crear el logotipo para el portal. Aquí os dejo dos propuestas. Si alguien quiere colaborar puede enviarme sus creaciones a la siguiente dirección: ana.ismi.3isa@gmail.com

Un saludo a todos.

Jesús Armand

Direcciones:
Portal_Bioinformática(google groups)

VIII BIOTECNOLOGÍA Y ORGANISMOS TRANSGÉNICOS. UNA INTRODUCCIÓN

2006-03-15T18:02:00.000+01:00

Hola a todos. La siguiente entrada trata de un curso online que acabo de localizar. Está organizado por la Fundación General de la Universidad de Salamanca y por el Departamento de Microbiología y Genética de la Universidad de Salamanca.

Cito textualmente:

"Desde la Fundación General de la Universidad de Salamanca, tras la gran demanda de información contrastada sobre Biotecnología y Organismos Transgénicos, ofrece esta actividad formativa utilizando una acreditada metodología propia basada en el CD-ROM, Internet y el aprendizaje OnLine centrado en el alumno. El formato es sencillo y excepcionalmente amigable de utilizar. Ideal como método de aprendizaje para aquellos que utilizan Internet para su formación continua."

"Diseñado como una introducción a los conceptos básicos y a las aplicaciones prácticas de la Biotecnología y de los Organismos Transgénicos, siendo apropiado para aquellos graduados universitarios que no hayan cursado recientemente asignaturas de Biotecnología y deseen familiarizarse con los conceptos, las aplicaciones y los métodos de la actual Biotecnología. Para el correcto seguimiento es suficiente con nociones informáticas a nivel de usuario.

Objetivos
Los objetivos son:

Familiarizar a los participantes del mismo con el lenguaje, las técnicas y las aplicaciones de la Biología molecular, de la Biotecnología y de los Organismos Transgénicos.
Adquirir experiencia en la búsqueda de información en Internet en este campo creciente y cambiante de la Biotecnología.
Utilizar la afable, innovadora y efectiva metodología del aprendizaje de hoy, centrado en el alumno y basado en ejercicios interactivos online.
Iniciarse en las técnicas de laboratorio utilizadas en la moderna investigación y manipulación del DNA mediante un laboratorio virtual para adquirir experiencia en la interpretación de los resultados de estas técnicas.

Diseñado especialmente para aquellas personas que tienen poca o ninguna formación en Biotecnología y Biología Molecular pero que desean aprender más acerca de las técnicas y aplicaciones de la manipulación del DNA."

Enlaces:

Información sobre el curso:
Página del curso. Web

Universidad de Salamanca:
Departamento de Microbiología y Genética. Web

Fundación General de la Universidad de Salamanca:
Dirección de Altos Estudios. Web

Folding@home

2006-03-09T16:23:00.001+01:00

Vamos a hablar de Folding@home. Folding@Home es un proyecto de computación distribuida, que estudia el plegamiento proteico normal y anormal, la agregación proteica y las enfermedades relacionadas. Se usan métodos de cómputo de avanzada y computación distribuida a gran escala, para simular escalas de tiempo miles a millones de veces mayores que las previamente obtenidas. Esto ha permitido simular el plegado proteico por primera vez, y ahora dirigir la investigación al estudio de las enfermedades relacionadas.

El proyecto por lo que he leído tiene muy buena pinta. Además, tiene versiones para windows, linux y Mac os. Yo ya me he descargado la versión para MAC OS X. Dentro de unos días os comento que tal.

Un saludo a todos.

Enlaces:
Folding@home (español)
Folding@home página oficial (inglés)
Resultados (inglés)
Zona de Descarga

Moodle

2006-03-08T13:24:00.000+01:00

Hola a todos.

Acabo de adentrarme un poco en Moodle. Moodle para los que no lo conozcáis es un paquete de software para la creación de cursos y sitios Web basados en Internet. Es un proyecto en desarrollo diseñado para dar soporte a un marco de educación social constructivista. Moodle se distribuye gratuitamente como Software libre (Open Source) (bajo la Licencia pública GNU). Básicamente esto significa que Moodle tiene derechos de autor (copyright), pero que usted tiene algunas libertades. Puede copiar, usar y modificar Moodle siempre que acepte: proporcionar el código fuente a otros, no modificar o eliminar la licencia original, y aplicar esta misma licencia a cualquier trabajo derivado de él. Moodle puede funcionar en cualquier ordenador en el que pueda correr PHP, y soporta varios tipos de bases de datos (en especial MySQL).

La palabra Moodle era al principio un acrónimo de Modular Object-Oriented Dynamic Learning Environment (Entorno de Aprendizaje Dinámico Orientado a Objetos y Modular), lo que resulta fundamentalmente útil para programadores y teóricos de la educación. También es un verbo que describe el proceso de deambular perezosamente a través de algo, y hacer las cosas cuando se te ocurre hacerlas, una placentera chapuza que a menudo te lleva a la visión y la creatividad. Las dos acepciones se aplican a la manera en que se desarrolló Moodle y a la manera en que un estudiante o profesor podría aproximarse al estudio o enseñanza de un curso en línea.

Ahora es cuando buscamos una posible aplicación en el campo de la bioinformática. ¿qué mejos forma de difundir conocimientos que realizando cursos? Es decir, crear una comunidad que desarrolle cursos para, primero, acercar a la gente el campo de la bioinformática y, después, más definidos para especializar y transmitir conocimientos concretos, ?no sería una buena idea?

Ahora que estamos trabajando en el desarrollo del portal sobre bioinformática comentaré a mis compañeros esta posibilidad.

Para saber más: Página oficial de Moodle (inglés)
Página de Moodle (español)

Grupo de trabajo Portal_Bioinformática

2006-03-05T16:53:00.000+01:00

Ya hace muchas semanas de cuando decidí escribir a una serie de compañeros haciendo una reflexión de la posibilidad de juntarnos y trabajar en la creación de un portal de bioinformática. Las semanas han pasado y ya estamos a punto de empezar a trabajar. En total a día de hoy somos 6 (os invito a colaborar con nosotros) los que vamos a trabajar en llevar a buen puerto este proyecto.

A todos os quiero dar las gracias de trabajar junto a mi, y, sobretodo de dejarme trabajar con vosotros.

Sólo una cosa más, a los que todavía no os habéis decidio a participar, animaros. El enlace lo tenéis en el apartado de links. Solicitad participar y uniros a nosotros.

Un cordial saludo a todos.

Jesús Armand Calejero Román

R

2006-03-01T11:51:00.000+01:00

R es un lenguaje y ambiente de programación para análisis estadístico y gráfico. Se trata de un software libre, resultado de la implementación GNU del premiado lenguaje S. R y S-Plus -versión comercial de S- son, probablemente, los dos lenguajes más utilizados en investigación por la comunidad estadística, siendo además muy populares en el campo de la investigación biomédica y en la bioinformática.

Ejemplo de todo esto es Bioconductor (http://www.bioconductor.org), un proyecto de software libre enfocado al análisis y la comprensión de datos genómicos, que ha sido desarrollado sobre R. Bioconductor ofrece, por ej., paquetes específicos para la normalización, análisis, y anotación de microarrays. Algunas aplicaciones conocidas que usan R y/o Bioconductor en este contexto son SNOMAD y R/MAANOVA.

Imagen: graph and Rgraphviz: Graph of interacting protein pairs with proteins (nodes) colored according to cell cycle expression profile cluster membership. Created with graph and plotted using Rgraphviz.

R se distribuye bajo la licencia GNU GPL y está disponible para los sistemas operativos Windows, Macintosh, Unix y Linux.

Versiónes de descarga: Windows, Linux, MAC OS X.

Para saber más sobre bioconductor.

tRNAscan-SE

2006-02-26T12:34:00.000+01:00

tRNAscan-SE es un programa diseñado para localizar genes de tRNA en secuencias de ácidos nucléicos usando una combinación de algoritmos que produce una tasa de falsos positivos muy baja a una velocidad de búsqueda muy alta. Ha sido optimizado para localizar genes de tRNA citoplásmicos eucariotas y de eubacterias, aunque también puede usarse para localizar otros tRNAs.

TRNAscan-SE combina la especificidad del paquete probabilistic de la predicción del RNA de Eddy y Durbin (1994) con la velocidad y la sensibilidad de 1,3 tRNAscan (Fichant y Burks, 1991) más una puesta en práctica de un algoritmo descrito por Pavesi (1994).

TRNAscan-SE no hace ninguna detección sí mismo del tRNA, sino que por el contrario combina las fuerzas de tres programas independientes de la predicción del tRNA negociando el flujo de la información entre ellos, realizando una cantidad limitada de post-processing, y haciendo salir los resultados. El programa trabaja en tres fases principales. En la primera etapa, funciona dos programas independientes de la detección del tRNA sobre la secuencia de la DNA de la entrada. Estos programas relativamente rápidos, de primer paso de la detección incluyen una versión modificada, optimizada de 1,3 (1) tRNAscan, y EufindtRNA, una puesta en práctica de otro algoritmo de la búsqueda del tRNA.

tRNAscan-SE Search Server
Para saber más tenéis el siguiente manual

Las posibilidades de Google Earth

2006-02-19T15:02:00.000+01:00

Hoy me voy a hacer eco de una noticia aparecida originariamente en el blog Bioinformática Biología Computacional de nuestro amigo José María. Nos habla de un artículo aparecidó en la revista Nature que habla del uso coordinado de herramientas como Google Earth con imágenes de satélite para poder realizar el seguimiento de las rutas migratorias, evolución geológica, etc...

El artículo titulado Virtual Globes: The web-wide world nos habla, por ejemplo, de la evolución de la gripe aviar.

Si queréis saber más visitar el blog de José María, el artículo de la revista Nature. También podéis descargaros este documento para abrir en Google Earth donde podéis estudiar la evolución de la enfermedad de la gripe aviar.

Genographic Project

2006-02-17T10:59:00.000+01:00

Continuando con el mail de Verónica también me ha pasado la dirección de la web del "Genographic project".

La sociedad National Geographic y la empresa IBM "cartografiarán" la genética de los habitantes de la Tierra para rastrear como se pobló el planeta, un estudio que durará cinco años y que permitirá conocer a todos cuáles fueron los movimientos migratorios de sus antepasados.

El objetivo es rastrear el proceso de población de la Tierra a lo largo de la Historia y revelar detalles sobre la historia migratoria de la humanidad y contribuir al conocimiento sobre las similitudes y diferencias que marcan la especie humana.

Un equipo de científicos de National Geographic y de IBM, dirigidos por el investigador Spencer Wells, recopilará las muestras de ADN alrededor del mundo y analizará los resultados para establecer las raíces genéticas de los humanos modernos.

Con financiación de la "Waitt Family Foundation", los científicos establecerán 10 centros en todo el mundo para estudiar más de 100.000 muestras de ADN.

IBM analizará los resultados obtenidos para descubrir nuevos patrones y conexiones entre los datos genéticos.
Investigadores del Centro de Biología Computacional de IBM utilizarán tecnologías de análisis avanzado y de clasificación de datos para interpretar las muestras y descubrir nuevos patrones y conexiones en los datos que contienen.

Los ciudadanos de todo el mundo pueden participar en el proyecto Genographic permitiendo que sus datos de ADN se incluyan en la base de datos.
Para ello, los interesados deberán comprar un kit con el que puedan extraer y enviar sus propias muestras de células obtenidas del interior de la boca. Este kit cuesta 126,5 dólares (fuera de USA y Canadá) y servirá para financiar este y otros proyectos.

Los resultados se almacenarán de forma "segura y anónima" para asegurar la privacidad de los participantes.
La base de datos resultante será una de las mayores recopilaciones de datos genéticos del mundo y servirá como recurso para genetistas, historiadores y antropólogos.

Os dejo la dirección: Genographic Project.

Articulo: Ya está en marcha la mayor recolección de ADN del mundo.

2006-02-17T10:53:00.000+01:00

Hola a todos. Verónica E. Álvarez me ha enviado al correo el siguiente artículo publicado en el diario Clarin. Habla de un proyecto impulsado por IBM y National Geographic. El estudio durará cinco años e intentará rehacer las claves del largo viaje de la especie humana y determinar cómo se poblaron los continentes.

Os pongo el enlace para que podáis leerlo.

http://www.clarin.com/diario/2006/02/17/sociedad/s-03215.htm

Un saludo a todos.

Otra práctica más. ORF Finder, Blast y ClustalW

2006-02-09T12:17:00.000+01:00

Hola a todos. Vamos a seguir con más prácticas. Espero que os sirvan de ayuda o de guía. Hoy vamos a simular los pasos que se dan desde que se obtiene una secuencia de ADN hasta la construcción de un árbol filogenético que relacione su secuencia con el resto de secuencias homólogas ya conocidas y depositadas en los bancos de genes (bases de datos de ADN y Proteínas).

Os recomiendo que para realizar estas prácticas abráis distintas pestañas (si os lo permite) en el navegador para poder realizar los pasos de forma más clara.

Empecemos.

Se ha obtenido a partir de un DNA de la Mona de Gibraltar (inventado) la siguiente secuencia de nucleótidos :

1 TTGCGCGAGG GCCGCCCCAG CCGCCCGATC AGCGTCGGCC CCTGCGCTGG
51 CTGAGGGGGA ATCACCCCCC GCTGCCAAAC GCAGGCACGG ACCCCAGTCC
101 TGCGGCGCGC TGGCGGGCAG GTCAGACCGA GCCCTCCAGT GAATCAGGCG
151 ACAAATACAA CGCCAGGGAT CAGCGACGGC AGCGCTACAA GAATCGACGG
201 CGTGTTGGAG GGACCCAGCT CTATGCCGAG TTCAGTCGCC AGCAGAGGTA
251 CTGCCGTGAC TGGGAAGGCG GACCCCAGTA GCGCCTGTGA CGCGGGGACG
301 GGTCAGCGTC TGCCGGTAGC CGGACCGCCC AGGCAGGCTG ACCAAGCGGC
351 GCCTGTGGCA GTTGGCCCAA CAAACGAGCA CGTCCCCCGA ACCACGACGC
401 TGAGCGACAG TCTAGGCCGT GCTAGTGAAC GCACGTGAGC CACGAGACAC
451 TGCAAGTCAG CCGGACTCCT CGTCGGGTCG CCCGCTAGCC CTACCTCGAG
501 TGTCACCCCA GACCTTAAGC GCTGGCTCAT TAGGGTAGGC TCAATCGGGC
551 GGCGACGGCT CTGGCCCCAC AGACTGGGTA ACCTTGCCAA CCAGGCCTCG
601 ATGAAGTGGG TGTGGGCCCT GGCCCTGCTG GCCGCCTGGG CCGCCGCCGA
651 GCGCGACTGC CGCGTGAGCA GCTTCCGCGT GAAGGAGAAC TTCGACAAGG
701 CCCGCTTCAG CGGCACCTGG TTCGCCTTGG CCAAGAAGGA CCCCGAGGGC
751 CTGTTCCTGC AGGACAACTT CGTGGCCGAG TTCAGCGTGG ACGAGACCGG
801 CCAGATGAGC GCCACCGCCA AGGGCCGCGT GTGCCTGCTG AACAACTGGG
851 ACGTGTGCGC CGACAAGGTG GGCACCTTCA CCGACACCGA GGACCCCGCC
901 AAGTTCAAGA TGAAGTACTG GGGCGTGGCC AGCTTCCTGC AGAAGGGCAA
951 CGACGACCAC TGGATCGTGG ACACCGACTA CGACACCTAC GCCGTGCAGT
1001 ACAGCTGCCG CCTGCTGAAC CTGGACGGCA CCTGCGCCGA CGACTACAGC
1051 TTCGTGTTCA GCCGCGACCC CAACGGCCTG CCCCCCGAGG CCCAGAAGAT
1101 CGTGCGCCAG CGCCAGGAGG AGCTGTGCCT GGCCCGCCAG TACCGCCTGA
1151 TCGGCCACAA CGGCTACTGC GACGGCCGCA GCGAGCGCAA CCTGCTGTAA
1201 GGTGCGGCGC GTCTACTCTC CCCCATCCCG CTAGGGCCTG CGGTGTCGCC
1251 GGACCAGGGT CACACCAACC ATCTCACGTG CGGCCCTGTC GTTCACCCTC
1301 CCATCCACTG ACGGCGCGGC AGACCCGGGA GGCCGGCCGA CAGCTGGCGG
1351 CGCGCGCGCC AAGGGAGCTG GCGACGACTC CCGCCACCGG CTGGACGAAA
1401 ATGGCAAGTC TAGGCGCCAG CGTCGCCGTA GAAGGGGTCG TTTTCAGCCG
1451 GACATGGCCG GACACAGTGG CCAGTGGCCG ATCGTCAAGG CCTGATGCCC
1501 GTAAATGGCT TCGTTAGTTT GGCGCCCAGG CGCTCGGCCA GCCGGGCGTT
1551 AGAGCAACAC AGAGTTCGCC GCACCGCCCG CCCGAACGCA GAGAAGGCGA
1601 GAGCGAGTTT GGCCTATAGG AGCCGCCGCT CACGGCAACC GCGCACAAAC
1651 GGGTAAGCCC TCGGCCCAAC CCCGGAGTGC TTAACCCGGC TTCGCGAAGG
1701 CCGAAGTCCG GAGAGGACAG CATGGGTCGT GCGTCAGGGC CTGGCGTTCG
1751 TCGCAAAAAC GCACAAGCTA CCGGAGGATC ACAATGCCCA GACCACCCTA

Programa ORF Finder. ORF, marco abierto de lectura.

Copia la secuencia de arriba (sin importar los números). Vamos a entrar en la página del NCBI ("National Center for Biotechnology Information" del "National Institutes of Health"). En esta página puedes encontrar bases de datos de genes y proteínas, bases de genomas completos (incluido el humano) y herramientas de análisis. La dirección es :

http://www.ncbi.nlm.nih.gov

A la derecha de la página encontramos un "link" que dice ORF FINDER, un programa "on-line" para encontrar marcos abiertos de lectura. Pínchalo. La nueva página te presenta el programa, puedes introducir la clave de una de las secuencias ya contenidas en las bases de datos o una propia. Pegamos la la secuencia que habías copiado. A este tipo de formato se le llama FASTA y es muy utilizado en el mundillo de la bioinformática, prácticamente cualquier programa reconoce ese formato (>nombre de la secuencia y luego la secuencia). Una secuencia en este formato tendría este aspecto:

>rbp
ACTAGGACAGCCACTAGACCACAGGGACCATGCACGC
ACGAGCCACAGAGGAGAGCAGCAGCGAC...ETC

Una vez que hayas pegado la secuencia pincha ORFfind para ejecutar el programa.

Ahora, vamos a aislar el ORF correcto y traducirlo a proteína. El resultado del programa da los posibles ORFs en las dos cadenas (aparecen 3 marcos para una cadena y otros 3 para otra). La región marcada en verde de mayor tamaño debe ser el ORF buscado, aparecen otros ORF pero son pequeños. Pincha el mayor y aparecerá una nueva pantalla con la ORF seleccionada ya aislada y con su traducción a proteína.
Ahora vamos a quedarnos con solo la proteína para hacer búsquedas en las bases de datos con la intención de buscar sus homólogos. Para hacer esto pincha en ACCEPT y la ORF (que ha quedado marcado en púrpura) pasa a color verde claro. Ahora en el cuadro VIEW modifica la forma que quieres ver la ORF seleccionada, selecciona FASTA Proteína y luego pincha en VIEW. Aparece una pantalla con la proteína en formato fasta, selecciona todo el texto con el ratón y copia la secuencia, luego nos hará falta.

A continuación vamos a retomar el trabajo con BLAST.

Hasta ahora lo que tenemos es una secuencia de proteína, pero no sabemos nada de ella. Uno de los programas más utilizados es BLAST. Vamos a volver a la página principal de NCBI, y en la parte de arriba hay un "link" para ir a BLAST. Aparece la página de BLAST y como puedes ver hay varias versiones. Nosotros vamos a seleccionar el "link" que dice "protein-protein BLAST [blastp]". Aparece la página de blastp. Este programa tiene varios comandos para ajustar los parámetros de la búsqueda. Pega la secuencia de proteína en el cuadro grande en blanco. En el cuadro "Choose database" selecciona "swissprot". Swissprot es una base de datos de proteínas mantenida por el Instituto de Bioinformática de Suiza. Fíjate también que el cuadro "Do CD-search" aparece marcado. Déjalo marcado porque a la vez que vamos a encontrar los homólogos de nuestra proteína vamos a hacer una búsqueda en el "Conserved Domain Database", una base de dominios funcionales de proteínas que nos va a permitir conocer la familia a la que pertence la nuestra.
Pincha "BLAST!" y comienza la búsqueda. Aparece una pantalla que nos indica la familia de nuestra proteína (la comparación con la base de datos de dominios es fulminante) pero la búsqueda de homólogos es más lenta.
Como puedes ver pertenece a la familia de las lipocalinas. Las lipocalinas son pequeñas proteínas con forma de cesta que portan en su interior moléculas hidrofóbicas, y sus funciones son muy variadas.
Más abajo aparece un "link" FORMAT, pínchalo. Una vez que esté terminada la búsqueda aparece una pantalla con los resultados. Baja la página hasta ver un listado de las secuencias encontradas. A la derecha de cada secuencia aparecen dos números, el primero es el "score" (la puntuación arbitraria que le da el programa a cada secuencia homóloga encontrada) y el segundo indica la probabilidad de encontrar el "score" obtenido al azar. Como puedes ver cuanto menor sea ese valor más parecido hay entre tu secuencia y la de la base de datos. Puedes ver que las primeras que se han encontrado son todas "Retinol Binding Proteins", es decir lipocalinas que transportan retinol. Luego aparecen más lipocalinas. Baja un poco la página para que veas cómo el programa ha alineado tu secuencia con las de la base de datos y veas lo parecida que son.
Cada proteína homóloga aparece marcada en azul, si pinchas en ese "link" puedes ver la información sobre esa proteína, la secuencia, quién la secuenció, otras bases de datos que tengan información sobre esa proteína etc.
Podemos concluir de este análisis, que nuestra secuencia es una lipocalina, y que pertenece al grupo de los Retinol Binding Protein...seguramente nuestra secuencia también transporte retinol.

Abre el editor de texto de tu ordenador (wordpad, notepad o Word…).
Ve pinchando las 10 primeras secuencias encontradas, aparece una pantalla con la secuencia. Selecciona en el cuadro DISPLAY el formato FASTA y luego pulsa DISPLAY. Cuando te aparezca la secuencia en formato FASTA cópiala y pégala en el editor de texto. Repite el proceso varias veces. Cuando termines añade tu secuencia (vuelve a la página donde se había ejecutado BLAST y cópiala de allí). Por último ve a la pantalla del editor y deja para cada nombre de secuencia el que da la base de datos, por ejemplo en la primera aparece:
>gi|132404|sp|P02753|RETB_HUMAN PLASMA RETINOL-BINDING PROTEIN PRECURSOR (PRBP) (RBP)
déjalo así:
>RETB_HUMAN.
Por último selecciónalas y cópialas todas.

Vamos a hacer un alineamiento con todas las secuencias encontradas y la nuestra. Hacer un alineamiento significa colocar las secuencias unas sobre otras intentado que los aminoácidos que estén en la misma columna sean iguales o lo más parecidos posibles. En los alineamientos aparecen "gaps" es decir, puntos en los cuales una secuencia ha tenido una inserción o una deleción que no aparece en otras. También aparecen gaps cuando una secuencia es más corta o cuando no se ha secuenciado completa. Uno de los programas más utilizados es CLUSTALW, que utiliza un algoritmo muy complejo para alinear las secuencias. Alinear secuencias no es fácil, si se parecen mucho no hay problemas pero si no son muy parecidas o hay lugares muy distintos entonces el alineamiento se complica (sobre todo si utilizamos muchas secuencias, cuando decimos muchas decimos ¡cientos!).
ClustalW se puede correr on-line en muchos sitios y también se puede descargar uno cualquiera de ellos:

http://www.pedb.org/scripts/clustalw.php
http://www.es.embnet.org/cgi-bin/clustalw.cgi
http://www.hongyu.org/software/clustal.html
http://www.ebi.ac.uk/clustalw/

Ve a esa página. No te asustes con lo que veas, lo que aparece son todas las opciones que se pueden cambiar del programa y tú sólo tienes que utilizar algunas las demás las dejaremos como están. Pega en el gran cuadro en blanco todas las secuencias en formato FASTA y pincha en Press HERE. Cuando termina el programa aparece una página de texto donde está el alineamiento pero si quieres verlo más bonito pincha en el link de arriba JALVIEW. Aparece el alineamiento en todo su esplendor, cada color designa un aminoácido y las barras indican el grado de parecido en cada columna. Jalview es un programa para ver alineamientos, en realidad no los hace. Simplemente toma la salida de CLUSTAW que es el programa que hace el alineamiento. Si tienes tiempo juega un poco con Jalview para ver sus distintas opciones. Pincha por ejemplo en COLOUR y luego en Zappo para ver los aminoácidos del mismo tipo con el mismo color.
ADVERTENCIA: el árbol que aparece en TREE FILE NO es el árbol filogenético, es tan solo un árbol guía que genera CLUSTAW para decidir el orden de alineamiento de las secuencias

Para construir un árbol filogenético nos hace falta un alineamiento (ya lo tenemos) y un programa que lo utilice. Cuando se hace un estudio serio en análisis filogenético se utilizan programas específicos para ello, pero nosotros vamos a utilizar JALVIEW que es capaz de construir árboles con un método sencillo y rápido. Se llama método de distancias. Consiste en contar todas las posiciones donde cada pareja de secuencias coinciden, generando una matriz de identidades. Las secuencias más parecidas tienen un valor alto, las menos parecidas valores más bajos. Después de construir la matriz JALVIEW utiliza un método de reconstrucción filogenética como UPGMA. En CALCULATE pincha Average Distance tree. Una vez hecho esto se muestra el árbol. Analízalo. Puedes cambiar el tamaño de la letra para ver el nombre de las especies y también puedes ver la longitud de las ramas. Presta atención en una cosa, la secuencia no era de la Mona de Gibraltar sino una secuencia de la base de datos perteneciente a otra especie y que hemos modificado para estar aquí entretenidos contigo ¿Puedes ahora decir de qué especie la hemos obtenido?

Google groups, portal_bioinformática

2006-02-03T17:41:00.000+01:00

Hola a todos. Siguiendo con la idea de crear un portal sobre bioinformática acabo de dar de alta el grupo en google groups portal_bioinformática. Ahora, todo el que esté interesado en participar en esta idea puede solicitar darse de alta en el grupo. La idea es organizarnos en la difusión de sugerencias e ideas para el portal.

La dirección es:
http://groups.google.com/group/bioinformatica_paradoja. Aquí podréis solicitar ser miembros del grupo.

También se puede directamente rellenando con tu correo el siguiente formulario:

Email:

ProteinGlimpse 1.2

2006-02-01T14:46:00.000+01:00

Hace unos días Jaime Fernández Vera me escribió hablándome de una herramienta en principio para MAC aunque desde KDE se está implementando en la versión 4 las funcionalidades del Dashboard para que se puedan utilizar estas aplicaciones en ese entorno. +info Esta herramienta la desarrolló como parte de las prácticas del máster de bioinformática de la UCM. Se trata de ProteinGlimpse 1.2 un widget gratuito que permite recuperar y mostrar en tres dimensiones, no sólo aquellas macromoléculas contenidas en la base de datos RCSB PDB, sino también, las moléculas -cuyos archivos con la información estructural necesaria- sean reconocidas por Jmol. Para ello únicamente se deberá arrastrar y soltar el fichero sobre el widget.

De Jmol comentar que es un visor de moléculas gratuito y de código abierto para estudiantes, profesores e investigadores en química y bioquímica. Es multiplataforma, compatible con sistemas Windows, Mac OS X y Linux/Unix. La versión 10 de Jmol se hizo disponible el viernes 17 de diciembre de 2004. +info

Para descargar ProteinGlimpse 1.2
Más información en la página personal de Javier Fernández Vera.

RCSB Protein Data Bank (http://www.rcsb.org/pdb/).

Respuesta a la carta sobre la creación de un Portal de Bioinformática

2006-01-31T19:16:00.000+01:00

A día de hoy ya son varias las personas que han dado respuesta al pequeño artículo o carta, o declaración de intenciones, que escribí días atrás hablando de la posibilidad de creación de un gran portal en español sobre bioinformática.

Ana, me comentaba en un mail que me escribió me comentaba, cito textualmente, “Con un portal donde participe la gente que hace bioinformática en español, no sólo con los foros, podemos conseguir más cosas, como divulgar nuestro trabajo (sobre todo entre otros profesionales biosanitarios que le tienen pánico a los ordenadores), o simplemente mantenernos conectados con un único punto de reunión, y no como ahora que usamos tres o cuatro (casualmente los blog que existen, menos activos) y que en su mayoría están restringida a personal investigador, con lo que perdemos un potencial inmenso”. Estoy totalmente de acuerdo.

Como ya le he contestado, espero en los próximos días crear una lista de correo donde, quien esté interesado en la idea, se pueda dar de alta y participar, con sus propuestas, sus comentarios y sus sugerencias.

Realmente, creo que se trata de una gran idea, de una buena propuesta.

Espero en los próximos días comunicaros la lista de correo en la que apuntarnos para organizar mejor las ideas para la creación del portal.

Un saludo

Alineamientos de secuencias con BLAST

2006-01-28T22:21:00.000+01:00

Hoy vamos a hablar del algoritmo BLAST y vamos, además, a realizar una pequeña práctica, os parece?

Comencemos explicando que es BLAST. BLAST es el algoritmo utilizado por una familia de cinco programas que alinean una secuencia desconocida contra las almacenadas en una base de datos molecular. Con la finalidad de evaluar la significancia del las comparaciones se utlizan métodos estadísticos. Los alinemaientos que son reportados se organizan en orden de significancia de mayor a menor.

Los cinco programas son:
BLASTN
Compara una secuencia de nucleótidos desconocida contra una base de datos de nucleótidos.
BLASTP
Compara una secuencia de aminoácidos desconocida contra una base de datos de proteínas.
BLASTX
Compara los seis marcos de lectura teóricos (de ambos sentidos de traducción) de una secuencia de nucleótidos desconocida contra una base de datos de proteínas.
TBLASTN
Compara una secuencia desconocida de proteína contra una base de datos de nucleótidos dinámicamente traducida en los seis marcos de lecturas de ambos sentidos de traducción.
TBLASTX
Compara los seis marcos de lectura teóricos de una secuencia de nucleótidos desconocidos contra los seis marcos de lectura de una base de datos de nucleótidos.

Ahora, un poco de práctica, no?
Lo primero de todo la secuencia. En este caso de proporciona la secuencia de una proteina desconocida (hipoteticamente hablando).

MASVRKAFPRRLVGLTSLRAVSTSSMGTLPKQVKIVEVGPRDGLQNEKSIVPTPVKIRLI
DMLSEAGLPVIEATSFVSPNWVPQMADHSDVLKGIQKFPGINYPVLTPNMKGFEEAVAAG
AKEVSVFGAVSELFTRKNANCSIEESFQRFAGVMQAAQAASISVRGYVSCALGCPYEGKV
SPAKVAEVAKKLYSMGCYEISLGDTIGVGTPGLMKDMLTAVMHEVPVTALGVHCHDTIGQ
ALANTLVALQMGVSVVDSSVAGLGGCPYAKGASGNLATEDLVYMLNGLGIHTGVNLQKLL
EAGDFICQALNRKTSSKVAQATCKL

Ahora, entraremos en: Nodo Suizo de EMBnet
http://www.ch.embnet.org/software/bBLAST.html

Vamos a copiar la secuencia anterior en la ventana central. Seleccionaremos el programa "blastp" y la base de datos "nrdb". Finalmente click en RUN. A continuación se cargará la página con los resultados obtenidos.

Si analizamos los datos obtendremos que se trataba de

3-hydroxy-3-methylglutaryl-Coenzyme A lyase [Mus musculus]

Perteneciente a Mus musculus (house mouse). Más información

Taverna Workbench

2006-01-20T23:58:00.000+01:00

Hoy quiero hablar de otra herramienta disponible para MAC (y para las otras plataformas). Se trata de Taverna WorkBench, actualmente en su versión 1.3.1. Se trata de un proyecto bajo GNU Lesser General Public License.

Taverna workbench permite que los usuarios construyan complejos análisis de workflows de componentes establecidos en máquinas remotas y locales, ejecutarlos y visualizar los resultados.

Taverna permite a usuarios construir, corregir y hojear gráficamente workflows.
El interfaz gráfico consiste inicialmente tres paneles, el panel de los diagramas de workflow, el explorador de modelos avanzados y el panel de servicios disponibles. Utilizaremos el explorador de modelos avanzados para definir los valores de entrada y salida del workflow junto con los servicios requeridos. Los servicios se pueden importar fácilmente en el explorador del panel de servicios disponibles, y el panel de diagramas del workflow permite la visualización del modelo de workflow.
El diagrama abajo demuestra un ejemplo de un workflow simple:

El workflow del ejemplo demuestra la integración de los servicios del múltiplo de fuentes múltiples. Por ejemplo, las cajas azul marino representan los servicios de Seqhound mientras que las cajas púrpuras están localmente los servicios disponibles. Las entradas y las salidas del workflow se incluyen en líneas discontinuas.

En la siguiente dirección EMBNET Austria ofrece un buen manual de usuario (versión anterior a la actual): Aquí

La página del proyecto Taverna workbench 1.3.1

Un gran portal para todos

2006-01-18T09:30:00.000+01:00

Saludos amigos.

Aquí os dejo una idea que hace tiempo que está en mi cabeza. La creación de un gran portal sobre bioinformática, en español, y con la colaboración de todos, informáticos, químicos, biólogos...

He escrito un pequeño artículo, una pequeña carta para vosotros, para trasmitiros mis ideas. Espero que me respondáis con vuestras impresiones.

Un saludo a todos.

Para descargar el archivo: carta para todos.PDF Carta para todos.pdf El link se ha corregido ya que daba problemas el host donde se alojó el archivo.

Herramientas de bioinformatica con un MAC, ¿es posible?

2006-01-10T11:25:00.000+01:00

Hola a todos, hace poco me compré un ibook, me he pasado al lado oscuro de Steve Jobs ;).

Ahora bien, me estaba preguntando el otro día qué herramientas existen para trabajar con un mac. Aquí os pongo algunas que he encontrado. Poco a poco las iré probando y os comentaré.

Espero que os sirvan.

Sequin

Sequin es una herramienta desarrollada por el NCBI para someter y poner al día entradas a las bases de datos de la secuencia de GenBank, de EMBL, o de DDBJ. Es capaz de manejar las sumisiones simples que contienen una sola secuencia corta del mRNA, y las sumisiones complejas que contienen secuencias largas, anotaciones múltiples, sistemas divididos en segmentos de DNA, o estudios phylogenetic y de la población. Sequin 6,00 es actualmente disponible del NCBI. Sequin funciona en Macintosh, PC/Windows, y las computadoras de UNIX.

Más información en: Sequin

-------------------------------------------

LAMARC: Likelihood Analysis with Metropolis Algorithm using Random Coalescence

Descripción

Lamarc es un programa para hacer análisis de similitud con el algoritmo Metrópolis que utiliza coalescencia aleatoria . Es un paquete que calcula parámetros poblacionales, tales como tamaño efectivo de la población, tasa de crecimiento exponencial, tasa de recombinación y tasa de migraciones pasadas para una o n poblaciones. Utiliza un modelo de matriz de migración con tasas de migración asimétricas y distintos tamaños de subpoblaciones. Esta versión puede utilizar datos de secuencias de ADN o ARN, SNPs o microsatélites. El programa puede obtener: estimaciones de la tasa de recombinación, tasas de migración entre cada par de la población, tamaños de las poblaciones (asumiendo tasas de mutación constantes entre loci), tasas de crecimiento poblacional exponenciales, tablas de perfiles de similitud, y percentiles. Si Ud. sabe que no hay recombinación en sus datos (p. e. ADNmt), puede utlizar otros programas como Fluctuate o Migrate.

Los métodos utilizados por estos programas siguen lo planteado en la Teoría de Coalescencia de Kingman (1982a, b). Los métodos usan una técnica que localiza el muestreo en regiones que contribuyen al resultado final (Metropolis, Monte Carlo).

Características

Maneja datos moleculares
Está constituído por cuatro programas:
Coalesce estima el tamaño efectivo de una sola población constante usando secuencias no recombinantes.
Fluctuate estima el tamaño efectivo de la población y la tasa de crecimiento exponencial para una sola población, utilizando secuencias no recombinantes.
Migrate estima el tamaño efectivo de la población y la tasa de migración en poblaciones constantes, usando secuencias no recombinantes, datos de microsatélites o datos electroforéticos de enzimas.
Recombine estima el tamaño efectivo de la población y la tasa de recombinación por sitio de una sola población de tamaño constante.

La versión actual del programa es la 1.2.2., y está diponible el código fuente o los ejecutables para: Linux (intel), Mac OS 9, y Windows

Más información en: LAMARC

DNALinux

2006-01-08T13:21:00.000+01:00

Es una distribución de Linux orientada a las ciencias de la vida: DNALinux 0.2.

Esta basada en una versión reducida de Slackware Linux (Slax) e incluye software de bioinformática y bases de datos genómicas. Una característica clave del DNALinux es que funciona como un LiveCD, esto es, sin hacer cambios permanentes sobre el disco rígido. La distribución puede ser testeada o utilizada sin ningún riesgo de pérdida de datos. Actualmente está operativa la versión 0.5 Beta.

¿Qué hay de nuevo en DNALinux?

1. Actualización del BLAST (2.2.10), EMBOSS (3.0.0), FinchTV, Clustal (1.83) y JRE (1.5).
2. Programas gráficos a los que se puede acceder desde KDE.
3. Basado en Slax 5.06 (con Kernel 2.6 y un mejor soporte del hardware).
4. Instalador HD (no testeado, usarlo con cuidado)
5. Menor tamaño gracias a la mejor compresión provista por SquashFS

Para descargarlo AQUí (free registration required)
El ISO ocupa unos 461 MB.

Para visitar la web del proyecto: http://www.dnalinux.com/

Biblioteca electrónica de ciencia y tecnología

2006-01-05T21:11:00.000+01:00

Gracias a Verónica E. de Argentina por el mail que me envió os escribo algo sobre esta biblioteca.

Es un Portal que suministra acceso por Internet a los textos completos de artículos de publicaciones periódicas científicas y tecnológicas nacionales e internacionales en las diversas áreas del conocimiento, como así también a bases de datos de referencias, resúmenes de documentos y otras informaciones bibliográficas de interés para el sistema de Ciencia y Tecnología.

Este servicio está disponible para investigadores, profesores y auxiliares docentes con dedicación a la investigación, permanentes, temporarios y visitantes, becarios y personal de apoyo a la investigación, estudiantes de grado y de posgrado y funcionarios autorizados de las Universidades Nacionales del sector público y de diversos organismos de Ciencia y Tecnología, comprendiendo en todos los casos a la totalidad de los centros y delegaciones de los mismos en el país. El uso del Portal es libre y gratuito aunque en algunos Journals hay que pagar para poderlos ver.

Para visitar la biblioteca: Biblioteca electrónica de ciencia y tecnología

EMBnet LiveCD

2006-01-03T12:29:00.000+01:00

A veces nos preguntamos que herramientas existen para trabajar con datos relacionados con la bioinformática. Lo cierto es que Linux es el sistema operativo que más recursos nos ofrece.

A través del weblog Bioinformática Biología Computacional he leído un artículo que puede ser de interés.

EMBnet genera periódicamente un DVD con un sistema Linux completo. Este DVD contiene el software más usado en bioinformática (en todas sus vertientes), preinstalado en el mismo. Otro dato importante es que se trata de un Live CD y no necesita de instalación permanente en el disco duro.

Sobre EMBnet podemos decir que se trata de un grupo basado en la ciencia de nodos de la colaboración a través de Europa y de un número de nodos Europa exterior. La maestría combinada de los nodos permite que EMBnet proporcione servicios a la comunidad molecular europea de la biología que abarca más que se puede proporcionar por un solo nodo.

Desde su creación en 1988, EMBnet se ha desarrollado de una red informal de individuos a cargo de mantener bases de datos biológicas en los profesionales mundiales del bioinformatics de la única organización que traían para trabajar junto para servir los campos que se ampliaban genéticas y biología molecular. Aunque integrado predominante por nodos académicos, EMBnet gana una dimensión agregada importante de sus miembros industriales.

Para descargar el Live cd: FTP HTTP

Felicitación de navidad

2005-12-23T12:17:00.000+01:00

BioInformática -La paradoja de San Petersburgo-, el blog que nación con el deseo de poder aportar su granito de arena en este país y dar a conocer la bioinformática desea felicitaros la navidad a todos y un próspero año nuevo.

Jesús Armand Calejero Román

Curso Evolución Molecular, Filogenia y Filogenómica

2005-12-17T11:24:00.000+01:00

Centro de Investigación Príncipe Felipe. Valencia, 15-19 Mayo 2006.

El curso está diseñado en 5 días con sesiones teóricas y prácticas de ordenador para la resolución de problemas y la puesta a prueba de hipótesis evolutivas. El curso incluye una sesión de análisis filogenómico y anotación funcional como corolario de los actuales desarrollos a nivel genómico dentro del área. Entre otras herramientas se utilizarán los programas Phylip, Phyml, PAML, TreePuzzle, MrBayes, Modeltest y herramientas diseñadas por nuestro grupo como FatiGO, FatiScan y CAAT.

El curso está dirigido principalmente para biólogos, químicos o profesionales que trabajen en áreas relacionadas con el análisis de secuencias biológicas.Los alumnos serán evaluados de acuerdo a la compresión de los temas expuestos y la resolución de problemas específicos.

Centro de Investigación Príncipe Felipe

Avda. Autopista del Saler 16 (detrás del Oceanografico)

46013.Valencia.

España.

Fechas: 15-19 Mayo de 2006

Horario: 09:30 a 19.00 hs.

Idioma: El idioma oficial del curso es el Español. La charla de Rasmus Nielsen será en Inglés

Precio: El curso es gratuito

Inscripción: Envie un CV de nos mas de 3 páginas y una descripción corta de sus intereses sobre el curso a Hernán Dopazo (hdopazo@cipf.es, tel. 34 96 328 9680). Los criterios utilizados para la selección se establecerán de acuerdo al impacto que los tópicos del curso tienen en relación al trabajo y formación de los estudiantes. El CV no se utilizará como criterio de selección. Este se solicita para conocer el área de formación de los solicitantes.

Cierre de inscripción: Lunes 24 de abril de 2006

Más información en: http://bioinfo.cipf.es/docus/courses/courses.html

Libro: Introducción a la BioInformática

2005-12-10T12:44:00.000+01:00

Para los que se están empezando a adentrar en el mundo de la bioinformática os quiero recomendar un libro: Introduccíon a la bioinformática, escrito por Attwood y Parry-Smith.

El libro no pretende ser un manual de biología o bioquímica. Lo que sí pretende es acercarnos al estudio de análisis de secuencas. El análisis de secuencias no proporciona respuestas claras respecto a la estructura tridimensional, la función o las relaciones evolutivas. Los métodos computacionales simplemente proporcionan pistas. El reto es diseñar estrategias de análisis que capturen con la mayor eficiencia el conocimiento biológico.

Escribo el contenido del libro:

Prólogo
Visión general
1 Introducción
2 Redes de información
3 Recursos de información sobre proteínas
4 Recursos de información sobre genomas
5 Análisis de secuencias de DNA
6 Técnicas de alineamiento de pares de secuencias
7 Alineamiento de secuencias múltiples
8 Búsquedas en bases de datos secundarias
9 Construcción de un protocolo de búsqueda de secuencias
10 Paquetes de análisis
Glosario
Índice

BIOJAVA

2005-12-05T23:49:00.000+01:00

BioJava es un proyecto open source dedicado a proporcionar las herramientas de Java para procesar datos biológicos. Esto incluirá los objetos para las secuencias de manipulación, los programas de análisis del archivo, la interoperabilidad de CORBA, DAS, el acceso a ACeDB, la programación dinámica, y las rutinas estadísticas simples.

Crea gráficos, permite comunicarse con el National Cancer Institute's Centre for Bioinformatics vía utilizando web services (SOAP + http) y muchas más cosas.

Lo cierto es que no se mucho sobre BioJava, ahora estoy leyendo sobre el mismo proyecto.

Ya iré escribiendo más sobre BIOJAVA.

Enlaces de interés:

------------------------------------------------------------------------------
Java APIs for Bioinformatics (artículo en inglés)
BioJava.org (WebSite en inglés)

Resumen del curso Clusters & Grid

2005-12-03T01:05:00.000+01:00

Entre los días 28, 29 y 30 de Noviembre el BIFI organizó el curso “Clusters & Grid Computing en entornos de software libre”. En los links que ofrece este blog está el del BIFI. En su página, a parte de información sobre el instituto también se puede descargar las diapositivas que se enseñaron en el curso.

El curso era sobre clusters y sobre el grid. De Grid ya hemos hablado en este blos (mirar aquí).

Vamos a hacer un pequeño resumen sobre el curso.

Día 28.

La inauguración curso fue llevada a cabo por Ricardo Cavero Arcéiz, Concejal de Ciencia y Tecnología del Ayuntamiento de Zaragoza, y Alfonso Tarancón Lafita, Profesor Secretario del BIFI. En ella también habló Isabel Campos Plasencia, que sería la encargada de la primera parte del curso (Clusters).

El curso de dividía en 6 sesiones repartidas en 3 días. Comenzaba a las 17 h y terminaba a las 21 h. Los ponentes eran Isabel Campos (como ya hemos dicho se encargaba de la parte de clusters) y Gillermo Losilla Anadón (Grid).

La primera sesión trato de Aspectos hardware y software. En ella se empezó definiendo lo que era un clusters bajo linux (Conjunto de ordenadores conectados a través de la red (Fast-Ethernet, Gigabit-Ethernet, Myrinet, Infiniband...) con Linux como Sistema Operativo y que tanto administrativamente como a nivel de usuario es una única máquina).

También se habló de las alternativas para la selección de la red a utilizar.

Gigabit Ethernet (1 Gb)
Myrinet 2000 (2 Gb)
Infiniband (20 Gb + 20 Gb bidireccional)
Soluciones mixtas Hardware/Software

Lo siguiente a tratar fue la Administración y optimización de uso (segunda sesión). En ella se trató en que consistía la administración de un cluster (Mantenimiento físico de las máquinas, Sistema Operativo, Monitorización del cluster, Seguridad, Uso del cluster y Aplicaciones de Usuario). Se dejó muy claro que cada uno de estos puntos tenía que tener una estrategia bien definida.

También se trató de los distintos sistemas de booting dentro del sistema (vía NFS y desde el disco local). También se trató la monitorización del cluster. De seguridad se habló de la protección contra ataques externos y de la obligación de forzar el cumplimiento de las normas.

Día 29.

La primera sesión del día (tercera del curso) trató de Seguridad y Monitorización. Se habló de seguridad, de las colas de batch. Su motivación es un uso más efectivo de los ordenadores, el uso de recursos 24h/día, la asignación de recursos de acuerdo a reglas y ejecución rápida de tareas. En esto se habló del proyecto Sun Grid Engine.

Respecto a la monitorización, se trataron los parámetros a monitorizar (Hardware, Software, Otros), las carácterísticas del sistema de monitor (Aplicable a todas las plátaformas Linux, Dar una visión grobal y rápida del estado de las máquinas, proveer de un mecanismo de correción de errores, no interferir en la operación de la máquina), del Diseño de un monitor a la carta (a partir de herramientas UNIX standard, se instala como un programa en el shell que se ejecuta periódicamente).

Con esta sesión Isabel Campos dio por concluida la parte de clusters y, sus charlas.

A continuación Gillermo Losilla nos acercó al Grid.

La primera sesión de la parte de Grid (cuarta del curso) se titulaba introducción al grid. En ella se dio una definición de qué era y qué no era el grid, se habló de cómo era posible el grid, del software especial que permite la integración de todos los distintos tipos de recursos que participan (Grid Middleware).

También se trató la relación existente entre el software libre y el grid. Su relación también con el mundo científico (definición de E-Science). Se hizo un histórico de proyectos grid en el mundo científico (Datagrid, Crossgrid, LCG y EGEE, también tratado en este blog). Y por último del grid en la empresa.

Así se llegó a la conclusión del segundo día.

Día 30.

El día 30 comenzó con la quinta sesión titulada Computación y seguridad. Se empezó hablando de Globus ToolKit, que es un framework/paquete de software libre. Es de licencia libre (GPL) y se ha convertido en el estandar para el desarrollo de grid middleware. Se trató la gestión de trabajos en globus: GRAM (Grid Resource Allocation and Management).

La seguridad en entornos grid es fundamental. Está implementada a través de GSI. Está basada en criptografía de clave pública, provee privacidad, integridad, autenticación y autorización, dos niveles de encriptación, uso de certificados digitales starndard X.509. Introduce proxy certificates y proxy servers y la delegación de credenciales.

La sexta sesión titulada Gestión de datos y otros servicios nos acercó a los Los servicios del grupo Data Management de Globus que permiten la localización, transferencia y gestión de datos a través de una infraestructura grid. Se dividen en 2 categorías: Movimiento de datos (gridFTP, RFT) y Replicación de datos (RLS, DRS).

Así finalizó la segunda sesión del día (sexta sesión del curso).

Después de la entrega de certificados y de la clausura del curso se procedió a la visita del BIFI (yo no asistí) así que emplazo a los que sí asistieron que cuenten su experiencia.

En conclusión el curso nos acercó más, tanto al cluster como al Grid. Despejó algunas dudas y conceptos erróneos. Me gustaría finalizar agradeciéndole al grid el curso que nos ofreció.

Tamaño y biología

2005-12-02T23:58:00.000+01:00

Aquí os dejo una referencia sobre las medidas o tamañnos en la biología. Espero que sea interesante. Si queréis más información sobre este tema lo podéis consultar AQUí
Tamaños de células, virus, y otras cosas pequeñas

La biología es una area muy rica visualmente. Sin embargo muchas de las estructuras y eventos biológicos más interesantes son más pequeños de lo que el ojo humano puede ver sin ayuda. En realidad el ojo humano tiene una resolución de cerca de 100 µm. En el cuadro de abajo note que de todas las estructuras nombradas, solamente la célula vegetal está escasamente dentro de nuestra resolución.

El Microscopio óptico

El microscopio óptico tiene un limite resolución de cerca de 200 nm (0.2 µm). Este limite se debe a la longitud de onda de la luz (0.4-0.7 µm). Las células observadas bajo el microscopio óptico pueden estar vivas o fijadas y teñidas.

El MicroscopioElectrónico de Transmisión (MET)

El microscopio electrónico de transmisión (MET) tiene un límite de resolución de cerca de 2 nm. Esto es debido a limitaciones del lente usado para enfocar electrones hacia la muestra. Un MET mira a replicas de células muertas, después de haber sido fijadas y teñidas con íones de metales pesados. Los electrones son dispersados cuando pasan a través de una fina sección del espécimen, y luego detectados y proyectados hacia una imagen sobre una pantalla fluorescente.

El Microscopio Electrónico de Barrido (MEB)

El microscopio elctrónico de barrido (MEB) también tiene un límite de 2nm. Al igual que el MET, el MEB permite mirar a células muertas, después de haber sido fijadas y teñidas con íones de metales pesados. Con esta técnica los electrones son reflectados sobre la superficie del espécimen.

EGEE (Enabling Grids for E-Science)

2005-12-02T10:47:00.000+01:00

En el último curso que he realizado (Clusters & Grid Computing en entornos de software libre) se habló de uno de los proyectos sobre Grid más importantes del momento: EGEE.

El proyecto de EGEE reúne a expertos de 27 países con la finalidad común de la construcción y desarrollo de una infraestructura grid y que esté disponible para los científicos 24 hora al día.

El proyecto quiere proveer de investigadores el acceso a los recursos que computan importantes, independientes de su localización geográfica. El proyecto de EGEE también se centrará en la atracción de una amplia gama de nuevos usuarios del grid.

El proyecto se concentrará sobre todo en tres áreas:

La primera área es construir una red de grid constante, robusta y segura que atraiga recursos que computan adicionales.
La segunda área es mejorar y mantener continuamente el middleware para entregar un servicio confiable a los usuarios.
La tercera área es atraer a nuevos usuarios de la industria así como ciencia y asegurar los reciben la mayor nivel del entrenamiento y los apoyan necesitan.

Financiado por la Comisión de la Unión Europea, han dividido a la comunidad del proyecto de EGEE en 12 federaciones, consistiendo en sobre 70 contratistas y sobre 30 participantes que no contribuyen y que cubrían una ancho de gama de usos científicos e industriales.

Más información en http://public.eu-egee.org/ (inglés)

Grid, o como aprovechar los recursos compartidos

2005-11-30T11:29:00.000+01:00

Aprovechando que estoy en un curso sobre Clusters & Grid voy a escribir algo sobre ello.

Empecemos por la definición. Un Grid es un conjunto de recursos hardware y software distribuidos por Internet que proporcionan servicios accesibles por medio de un conjunto de protocolos e interfaces abiertos (gestión de recursos, gestión remota de procesos, librerías de comunicación, seguridad, soporte a monitorización,...).

La necesidad de aprovechar los recursos disponibles en los sistemas informáticos conectados a la Red y simplificar su utilización ha dado lugar a lo conocido como Grid Computing.

IRISGrid es la iniciativa española en Grids. Nació en el año 2002, a partir de la proposición de diversos grupos nacionales. A día de hoy, IRISGrid cuenta con la participación de más de 50 grupos en España, dentro de todos los ámbitos de conocimiento.

En siguientes anotaciones hablaré más sobre la Tecnología del Grid y sobre Globus ToolKit.

RNA-polymerase-2

2005-11-25T15:55:00.000+01:00

HIV Capsid C-Terminal Domain

2005-11-25T15:02:00.000+01:00

Navengando en PDB (Protein DataBank) he encontrado infinidad de información libre (al alcance de cualquier persona) sobre proteinas. Aquí os muestro un ejemplo.

Compuesto: Mol_Id: 1;
Molécula: VIH Capsid;
Cadena: Falta de información;
Fragmento: Dominio Del C-Terminal, Residuos 151 - 231; Dirigido: Sí; Mutación: Substituciones Del Selenomethionine, L151Mse, M185Mse, M214Mse, M215Mse; Unidad Biológica: Monomer;

Autores: T. R. Gamble, S. Yoo, F. F. Vajdos, U. K. Von Schwedler, D. K. Worthylake, H. Wang, J. P. Mccutcheon, W. I. Sundquist, C. P. Hill;

Asymmetric Unit

Assumed Biological Molecule

Como wikipedia, pero sobre Bioinformática

2005-11-23T12:59:00.000+01:00

Wikiomics es una iniciativa abierta de documentación en el campo de la biología y de la bioinformática. Similar a la wikipedia, Wikiomics consiste en un espacio libre para almacenar y compartir la información que ensambla juntos aspectos prácticos y teóricos de la bioinformática.

Cualquier persona puede iniciar o modificar un artículo en Wikiomics y utilizarlo como colección de notas, de acoplamientos y de papeles en un problema específico. Un historial de la página y la notificación por email hacen fácil seguir los cambios realizados por otros usuarios de este wiki.

La dirección para acceder es WikiOmics

Entre todos podemos ayudar a completar este wiki.

Resumen de la Jornada "Ambioma después del Genoma"

2005-11-20T14:47:00.000+01:00

La jornada empezó a las 9 de la mañana con las acreditaciones y la entrega de material y documentos.

9:15 Apertura a cargo del Decano de la facultad de medicina Prof. Dr. Arturo Vera y por el presidente de la fundación GENES y GENTES.

9:30 Concepto de Epidemiología. Aplicaciones al estudio de la epidemiología genética, a cargo de ka Dra Milagros Bernal.

Acercamiento a los conceptos de epidemiología, redes causales (causa suficiente, causa necesaria). Explicación de la epidemiología analítica, y criterios de causalidad.

10:00 Epidemiología de los factores de riesgo en la infancia y en la adolescencia: Concepto de prevención primordial. Llevada a cabo por el profesor Dr. Alfonso del Río Ligorit.

Definición de Kamel (1961) de los factores de riesgo. Aploximación a los factores de riesgo "nuevos"
Estudio de Yusuf S. INTERHEART STUDY (lancet 2004).
Estudio de BOGALUSA HEART STUDY.
Estudio de GENECARD PROJECT.

10:45 Descanso-café.

11:15 Genes y enfermedades cardiovasculares, impartida por el prof. Miguel Pocovi Mieras.

El dato más interesante fue el del biochip denominado LIPOCHIP(HF).

12:00 Epidemiología genética en el cáncer: Cánceres Hereditarios. Llevada a cabo por el doctor José Ignacio Mayordomo.

Explicación de los pasos a seguir en los estudios genéticos para detectar cánceres hereditarios. Hincapié en la posible ayuda psicológica de los pacientes (están sanos y se les informa que pueden enfermar).

Aplicación de la Resonancia nuclear magnetica (RNM) para la detección precoz de cáncer de mama.

12:45 Epidemiología genética de las enfermedades hereditarias. Formulada por la doctora Franco.

Se centró en las enfermedades de la sangre (hemofília, etc).

Incidencias.

No pudieron asistir las doctoras Pilar Giraldo y Raquel de Andrés.
La jornada fue auditada.

Comentario final.

Una muy buena charla con un tema de gran interés. Las mejores intervenciones las del doctor Mayordomo y la del profesor Dr. del Río.

Jornada "Ambioma después del Genoma"

2005-11-18T13:08:00.000+01:00

Jornada "Ambioma después del Genoma"

La jornada va dirigida al público interesado en cuestiones de salud pública y sea consciente de la importancia social de los temas propuestos y de la transcendencia de los desarrollos científicos y técnicos en la mejora de la salud y de la calidad de vida de la sociedad. De manera especial a los estudiantes universitarios.

Los documentos adjuntos contienen el programa de la jornada:

Más información: http://www.fundaciongenesygentes.es

Organizada por: Fundación Genes y Gentes

Fecha	19/11/2005
Hora	09:00

Lugar celebración
	FACULTAD DE MEDICINA
Dirección
	c/ Domingo Miral
	Zaragoza

Introducción a la bioinformática

2005-11-14T23:14:00.000+01:00

Un poco de información sobre la BioInformática

Poco antes de finalizar el siglo XX y como una premonición de lo que cabe esperar, fue presentado a la sociedad y en particular a la comunidad científica el Genoma Humano, sin lugar a dudas uno de los hitos históricos que más claramente marcará el borde de una nueva era. Y es correcto decir el inicio, porque las tareas y retos más importantes se refieren a desentrañar el significado de estos datos, tareas en las que la Bioinformática tiene un papel muy importante a desempeñar.

La Bioinformática, definida como el uso de técnicas y herramientas computacionales para el análisis de la información biológica, es una nueva disciplina, nacida para cubrir la necesidad de manejar las ingentes cantidades de información provenientes, tanto de la secuenciación de las macromoléculas (ADN, proteínas y glúcidos) como de las técnicas de análisis masivo del comportamiento de genes y proteínas. El auge de la Informática junto con el establecimiento de la Internet y de las bases de datos moleculares han posibilitado, en estos últimos años, el estudio de la información genética con el desarrollo de programas que aceleran el análisis de numerosas variables. Así por ejemplo, puede leerse toda la secuencia de moléculas que compone el genoma de un organismo, es decir, el 'manual de instrucciones' que rige la formación del mismo y es posible la observación de su comportamiento dinámico bajo diversas condiciones experimentales.

Sin embargo, dado que se trata de una disciplina híbrida y abierta a su propio desarrollo, también recibe el aporte de otras disciplinas biológicas o biomédicas. La información hereditaria (estudiada por la Genética) reside en las citadas macromoléculas (Biología Molecular, Bioquímica, Química Orgánica), pero su expresión es importante al manifestarse en la funcionalidad (Biología Celular, Histología, Organografía, Neurobiología, Fisiología, Inmunología, Biología del Desarrollo, Patología, Oncología), la reproducción (Embriología) y las relaciones entre los seres vivos (Comportamiento, Ecología, Microbiología, Parasitología, Paleontología, Genética de Poblaciones y Evolución.

En cualquier caso, los estudios que la Bioinformática permite llevar a cabo requieren la colaboración de disciplinas no tan próximas a los problemas de la Biología. La Informática, como complemento imprescindible, proporcionando y desarrollando sistemas, herramientas y algoritmos para el estudio de la información hereditaria con todas sus implicaciones. La Estadística, es fundamental en el manejo de grandes números y en la elaboración de modelos de muchos parámetros. La Física y la Química en la elaboración de modelos y en el análisis de procesos al nivel molecular. Además, son muchas disciplinas las que, de alguna manera, abordan el estudio de sistemas complejos; y siendo los biológicos los sistemas más complejos del universo que conocemos, son bastantes aquellas que pueden verse involucradas en éste nuevo campo de la Ciencia, pudiéndose destacar alguna de las que podrían considerarse más alejadas, como por ejemplo, la Teoría de la Información o la Lingüística.

Viendo la cantidad y variedad de materias implicadas en la Bioinformática es lógico entender la necesidad que tenemos de personal especializado en esta nueva disciplina, la cual no sería la suma de las anteriores materias, sino la integración de todas ellas. Además, no sólo se necesita personal que desarrolle estas tareas, sino que también es básico informar de su uso en todos los ámbitos, no solo el de la Biología, sino especialmente a la sociedad en general como principal beneficiaria.
Esto es importante, ya que la Bioinformática acelera -de hecho ya lo está haciendo- el trabajo de laboratorio, al permitir analizar una mayor cantidad de información con ayuda del ordenador que lo que se puede conseguir en un experimento de laboratorio, proporcionando pistas que luego se podrán comprobar experimentalmente. Sin embargo, tantas implicaciones carecerían de sentido si no fuese por las perspectivas que presenta la Bioinformática en la sociedad actual. El estudio profundo y exhaustivo de los sistemas vivos no sólo empieza a dar sus frutos en el campo de la Biotecnología, la Farmacología o la interminable lucha contra la contaminación del ambiente; no sólo augura grandes promesas de bienestar social y de capacidad de predicción de acontecimientos biológicos de inestimable interés; pues esos conocimientos, aparte de proporcionar una información más completa de los sistemas vivos, pueden basarse en ellos para extrapolar modelos sobre el funcionamiento de nuestra sociedad humana y para el desarrollo de sistemas computerizados en la optimización y distribución de recursos. El manejo de tanta información escapa al individuo humano, y la coordinación de grupos de individuos ralentiza enormemente la elaboración de la información para un aprovechamiento eficaz. El desarrollo de sistemas computerizados suplirá, sin duda alguna, muchas de nuestras deficiencias en la armonía con la Biosfera.

Clusters & Grid Computing en entornos de software libre

2005-11-14T10:55:00.000+01:00

El Instituto de Biocomputación y Física de Sistemas Complejos de la Universidad de Zaragoza (BIFI) presenta el curso "Clusters & Grid Computing en entornos de software libre", que se celebrará a finales del mes de Noviembre de 2005.

El curso está orientado a personas que quieran introducirse en el mundo de los clusters de PCs y las nuevas tecnologías de grid computing, campos en los que el BIFI ocupa una posición puntera en Aragón, todo ello desde las posibilidades que ofrece el mundo del software libre.

cartel del curso (829KB, formato A2):

Fechas y lugar de celebración

El curso se celebrará los días 28, 29 y 30 de Noviembre y casi con total seguridad se impartirá en la sede del BIFI (c/ Corona de Aragón 42).

Las sesiones tendrán lugar en horario de tarde. La hora concreta todavía está por confirmar. Cuando quede una semana para la celebración, se confirmarán el lugar y horarios definitivos a todos los participantes.

Toda la información relativa al curso podrá ser consultada en esta página web.

http://bifi.unizar.es/clustersygrid/

GenMAPP

2005-11-13T15:25:00.000+01:00

GenMAPP is a free computer application designed to visualize gene expression and other genomic data on maps representing biological pathways and groupings of genes. Integrated with GenMAPP are programs to perform a global analysis of gene expression or genomic data in the context of hundreds of pathway MAPPs and thousands of Gene Ontology Terms, import lists of genes/proteins to build new MAPPs and export archives of MAPPs
and expression/genomic data to the web.

The main features underlying GenMAPP are:

		Draw pathways with easy to use graphics tools
		Color genes on MAPP files based on user-imported genomic data
		Query genomic data against MAPPs and the GeneOntology with MAPPFinder

Download the full GenMAPP v2.0 software package and additional software accessories.
http://www.genmapp.org/download.asp

Terminó el curso de Avances en BioInformática

2005-11-13T15:09:00.000+01:00

Grandísimo curso de la universidad de salamanca

Bueno, solamente quería hacer constar que ya he terminado el curso de Avances en Bioiformática ofertado en su modalidad online por la universidad de salamanca. El curso ha sido muy interesante y me ha abierto nuevos horizontes para mi formación y para el futuro.

Si podéis os recomiendo el cursarlo.

Un saludo a todos

www.usal.es

Apertura en blogger

2005-11-13T14:57:00.000+01:00

Un saludo a todos. Los que ya me conocerán saben que existe otra bitácora en http:\\calejero.bitacoras.com, pero este nuevo blog nace con la finalidad de profundizar en la bioinformática.

Espero que sea de utilidad para todos.

Un saludo
Jesús Armand “3isa” Calejero Román